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万見
- PDB-4am9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE YERSINIA ENTEROCOLITICA TYPE III SECRETI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4am9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE YERSINIA ENTEROCOLITICA TYPE III SECRETION CHAPERONE SYCD IN COMPLEX WITH A PEPTIDE OF THE TRANSLOCATOR YOPD
要素
  • CHAPERONE SYCD
  • YOP EFFECTOR YOPD
キーワードCHAPERONE / CHAPERONE BINDING DOMAIN / CHAPERONE PEPTIDE COMPLEX / PATHOGENICTIY FACTOR / TRANSLOCATOR / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT / TPR / T3SS / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


YopD-like / YopD protein / Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Chaperone SycD / Protein YopD / Translocator protein
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schreiner, M. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Yersinia Enterocolitica Type III Secretion Chaperone Sycd in Complex with a Peptide of the Minor Translocator Yopd
著者: Schreiner, M. / Niemann, H.H.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Other
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE SYCD
B: YOP EFFECTOR YOPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2058
ポリマ－17,6582
非ポリマー5476
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-15.5 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.369, 106.369, 51.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CHAPERONE SYCD


分子量: 16492.762 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
株: W22703
解説: YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 FROM STRAIN W22703
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: O87496
#2: タンパク質・ペプチド YOP EFFECTOR YOPD


分子量: 1165.358 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 56-65 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: Q9R2G2, UniProt: P37132*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIVE ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES DUE TO PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE SYNTHETIC PEPTIDE (CHAIN B) ...FIVE ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES DUE TO PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE SYNTHETIC PEPTIDE (CHAIN B) CORRESPONDING TO YOPD56-65 FROM YERSINIA ENTEROCOLITICA VIRULENCE PLASMID PYVE227 FROM STRAIN W22703.N-TERMINALLY ACETYLATED AND C-TERMINALLY AMIDATED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: RESERVOIR SOLUTION: 50 MM MES PH 6, 50 MM CITRATE PH 5, 1.1-1.4 M (NH4)2SO4. VAPOR DIFFUSION AT 293 K WITH DROP RATIO OF 1 TO 0.5 PROTEIN TO RESERVOIR. PROTEIN CONCENTRATION 8 MG/ML. 1.3 FOLD ...詳細: RESERVOIR SOLUTION: 50 MM MES PH 6, 50 MM CITRATE PH 5, 1.1-1.4 M (NH4)2SO4. VAPOR DIFFUSION AT 293 K WITH DROP RATIO OF 1 TO 0.5 PROTEIN TO RESERVOIR. PROTEIN CONCENTRATION 8 MG/ML. 1.3 FOLD MOLAR EXCESS OF PEPTIDE OVER PROTEIN.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 11931 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 69.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGY

2vgy


解像度: 2.5→23.676 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 21-28 AND 160-163 FROM CHAIN A ARE DISORDERED, RESIDUES 65 FROM CHAIN B IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 588 4.9 %
Rwork0.1899 --
obs0.1921 11901 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.501 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2738 Å20 Å20 Å2
2--5.2738 Å20 Å2
3----10.5477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 35 17 1168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0611585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.576441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.75150.34821640.31342751X-RAY DIFFRACTION98
2.7515-3.14890.27321330.21762805X-RAY DIFFRACTION100
3.1489-3.96420.20341450.17212845X-RAY DIFFRACTION100
3.9642-23.67690.23441460.17972912X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2046-1.5407-0.44122.74051.34380.95260.53750.0997-0.553-0.5779-0.3269-0.595-0.30990.2135-0.09290.4624-0.10760.12490.55390.18670.8502-37.58426.525613.9266
20.45640.009-0.3842.1747-0.33610.35160.3206-0.4733-0.09150.5288-0.3763-0.22290.0043-0.086500.6-0.033-0.09390.45230.10980.6452-44.62079.101619.3299
30.59360.1137-0.71292.27451.19471.5960.2166-0.7345-0.14230.3567-0.34810.4026-0.2058-0.45510.00040.6152-0.1332-0.00010.52310.01540.4375-51.952121.016923.2856
40.77760.05620.52020.89490.56990.6202-0.23820.83430.5467-0.8087-0.0595-0.1046-1.4513-0.127-0.10021.05530.0230.09690.8329-0.10760.5453-52.170432.942217.8576
51.7825-0.060.1070.6040.89521.31020.21650.35712.3842-1.1572-0.6712-0.7293-1.12720.08460.00010.7198-0.0197-0.09440.5053-0.01030.8931-41.018718.505111.7015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 29:56)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 57:86)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 87:133)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 134:159)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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