+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aly | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Borrelia burgdorferi outer surface lipoprotein BBA64 | ||||||
![]() | P35 ANTIGEN | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / LIPOPROTEIN / OUTER SURFACE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brangulis, K. / Tars, K. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Ranka, R. / Baumanis, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an Outer Surface Lipoprotein Bba64 from the Lyme Disease Agent Borrelia Burgdorferi which is Critical to Ensure Infection After a Tick Bite 著者: Brangulis, K. / Tars, K. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Ranka, R. / Baumanis, V. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 73.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999, 0.02586, -0.1554), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31710.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: B31 / プラスミド: PETM_11 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8 詳細: 20% PEG 2000 MME 0.05 M (NH4)2SO4 15% GLYCEROL, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日 / 詳細: RH-COATED TOROIDAL SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 25348 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.558 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→93.09 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|