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- PDB-4akk: Structure of the NasR transcription antiterminator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akk
タイトルStructure of the NasR transcription antiterminator
要素NITRATE REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nitrate/nitrite sensing protein, bacterial / Nitrate/nitrite sensing protein / Nitrate and nitrite sensing / Nitrate and nitrite sensing (NIT) domain profile. / ANTAR domain / ANTAR domain / ANTAR domain profile. / ANTAR / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrate regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.145 Å
データ登録者Boudes, M. / Lazar, N. / Graille, M. / Durand, D. / Gaidenko, T.A. / Stewart, V. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: The Structure of the Nasr Transcription Antiterminator Reveals a One-Component System with a Nit Nitrate Receptor Coupled to an Antar RNA-Binding Effector.
著者: Boudes, M. / Lazar, N. / Graille, M. / Durand, D. / Gaidenko, T.A. / Stewart, V. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2012年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRATE REGULATORY PROTEIN
B: NITRATE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,60911
ポリマ－95,0502
非ポリマー5599
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area31980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.230, 113.100, 59.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NITRATE REGULATORY PROTEIN


分子量: 47525.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / 株: M5A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q48468
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH7.5, 20 MM MGCL2, 22 % POLYACRYLIC ACID, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45 Å / Num. obs: 53696 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.95 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.145→43.866 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 2685 5 %
Rwork0.2004 --
obs0.2025 53680 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.99 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.7387 Å20 Å24.1289 Å2
2---8.1989 Å20 Å2
3----6.5398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.145→43.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5795 0 36 264 6095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8567957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0392240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1452-2.18420.29071300.25812479X-RAY DIFFRACTION91
2.1842-2.22620.28111420.25362702X-RAY DIFFRACTION99
2.2262-2.27160.29951420.25282680X-RAY DIFFRACTION98
2.2716-2.3210.3031400.22942659X-RAY DIFFRACTION99
2.321-2.3750.27581420.21472710X-RAY DIFFRACTION100
2.375-2.43440.27361410.2222670X-RAY DIFFRACTION100
2.4344-2.50020.2771420.21872694X-RAY DIFFRACTION100
2.5002-2.57380.30731410.21212696X-RAY DIFFRACTION99
2.5738-2.65690.27791420.21732681X-RAY DIFFRACTION99
2.6569-2.75180.2771400.20782662X-RAY DIFFRACTION99
2.7518-2.8620.24551420.1982704X-RAY DIFFRACTION100
2.862-2.99220.22281420.19742706X-RAY DIFFRACTION99
2.9922-3.14990.2621430.2072699X-RAY DIFFRACTION99
3.1499-3.34720.25891410.20862686X-RAY DIFFRACTION99
3.3472-3.60550.22641400.18582655X-RAY DIFFRACTION99
3.6055-3.96810.22641420.17352703X-RAY DIFFRACTION99
3.9681-4.54180.17491440.16782731X-RAY DIFFRACTION100
4.5418-5.72020.22141430.19172719X-RAY DIFFRACTION100
5.7202-43.87470.20871460.18162759X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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