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- PDB-4akc: Structure of Galactose Binding lectin from Champedak (CGB) with G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akc
タイトルStructure of Galactose Binding lectin from Champedak (CGB) with Gal(beta)1,3-GalNac
要素
  • AGGLUTININ ALPHA CHAIN
  • AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / MANNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-4 chain
類似検索 - 構成要素
生物種ARTOCARPUS INTEGER (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures and Binding Specificity of Galactose- and Mannose-Binding Lectins from Champedak: Differences from Jackfruit Lectins
著者: Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2012年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,81712
ポリマ－67,2838
非ポリマー1,5334
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15330 Å2
ΔGint-54.7 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.287, 121.673, 77.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
AGGLUTININ ALPHA CHAIN / JACALIN ALPHA CHAIN / HAMPEDAK GALACTOSE BINDING LECTIN


分子量: 14662.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTOCARPUS INTEGER (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
AGGLUTININ BETA-4 CHAIN / JACALIN BETA-4 CHAIN / CHAMPEDAK GALACTOSE BINDING LECTIN


分子量: 2158.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTOCARPUS INTEGER (植物) / 参照: UniProt: Q9S8T0
#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CROSS-REFERENCE IS TO NEAREST UNIPROT BUT SEQUENCE IS VARIANT WITH GENBANK REFERENCE GB FR728240.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: 40% PEG 600, 100 MM PHOSPHATE/CITRATE BUFFER PH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→77.61 Å / Num. obs: 32825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 49.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AK4

4ak4


解像度: 2.3→30.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8601 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1621 4.95 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2005 32748 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6529 Å20 Å20 Å2
2---14.9693 Å20 Å2
3---15.6222 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4585 0 104 51 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014826HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.156557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1569SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes693HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4826HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion640SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5421SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 158 5.35 %
Rwork0.2202 2798 -
all0.223 2956 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4797-0.2144-0.35953.12011.07521.35740.04830.11270.0374-0.2179-0.15480.6035-0.0104-0.1320.1065-0.17360.0098-0.0489-0.1767-0.04640.1955-19.535711.177315.7627
21.1833-0.82040.49912.43880.86510.1297-0.0007-0.05190.04950.183-0.1073-0.01550.12450.10330.108-0.0815-0.0384-0.0147-0.1161-0.03470.1939-5.354713.717822.9378
33.12391.31050.41862.05390.28950.62-0.10810.7297-0.3275-0.4050.1246-0.27240.03080.1552-0.0166-0.06810.05110.1158-0.0964-0.05230.007714.190114.61390.4722
40.01441.6062.28671.4851-0.22610.5533-0.01170.1561-0.0145-0.20130.06070.0181-0.07220.0138-0.049-0.01460.10550.0305-0.06370.03120.06233.10425.80463.0503
50.95810.4364-0.37070.7842-0.11941.22060.0274-0.23960.2902-0.0024-0.01950.048-0.1094-0.029-0.0079-0.1752-0.01420.0261-0.0797-0.16340.1783-12.306830.707634.8995
62.85551.0312-1.37741.7196-0.06112.47960.2682-0.10390.70820.0761-0.0820.2146-0.30770.3311-0.1863-0.1307-0.04430.1387-0.2149-0.01070.199317.255539.273314.242
70.8393-2.21370.651102.0632.5488-0.0129-0.06410.0915-0.1907-0.1078-0.04780.01380.07730.1207-0.0460.01450.0442-0.1255-0.01990.154911.39125.053520.2803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN G
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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