PDB-4aka: IPSE alpha-1, an IgE-binding crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aka

タイトル

IPSE alpha-1, an IgE-binding crystallin

要素

IL-4-INDUCING PROTEIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SCHISTOSOMA MANSONI / IMMUNOGLOBULIN BINDING

機能・相同性

Interleukin-4 inducing immunoglobulin-binding domain / Interleukin-4 inducing immunoglobulin-binding domain / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta / IL-4-inducing protein

機能・相同性情報

生物種

SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫)

手法

溶液NMR / CYANA

データ登録者

Meyer, N.H. / Mayerhofer, H. / Tripsianes, K. / Barths, D. / Blindow, S. / Bade, S. / Madl, T. / Frey, A. / Haas, H. / Mueller-Dieckmann, J. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Crystallin Fold in the Interleukin-4-Inducing Principle of Schistosoma Mansoni Eggs (Ipse/Alpha-1) Mediates Ige Binding for Antigen-Independent Basophil Activation
著者: Meyer, N.H. / Mayerhofer, H. / Tripsianes, K. / Barths, D. / Blindow, S. / Bade, S. / Madl, T. / Frey, A. / Haas, H. / Mueller-Dieckmann, J. / Sattler, M. / Scharmm, G.

履歴

登録	2012年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aka.cif.gz	636.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aka.ent.gz	532.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4aka_validation.pdf.gz	533.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aka_full_validation.pdf.gz	720.6 KB	表示
XML形式データ	4aka_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	4aka_validation.cif.gz	69.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4aka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4aka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4el6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wvy-1 5wvw-1 4pqp-3 3lys-6 5wvy-2 5u7n-2 1de2-d 5oxx-d 2j97-d 6kmb-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17405

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IL-4-INDUCING PROTEIN

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	IL-4-INDUCING PROTEIN / INTERLEUKIN-4-INDUCING PROTEIN / IPSE ALPHA-1 分子量: 11981.478 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-124 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHISTOSOMA MANSONI (マンソン住血吸虫) プラスミド: PPROEXHTB IPSEDNLS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q869D4
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED IPSEDELTANLS

-
試料調製

詳細	内容: 10% D2O/ 90% H2O
試料状態	イオン強度: 200 mM / pH: 7.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS, ARIA	ARIA	JP.LINGE,MA.WILLIAMS,CA.SPRONK,AM.BONVIN,M.	精密化
NMRPipe			構造決定
Sparky			構造決定
CYANA			構造決定
ARIA			構造決定

精密化

手法: CYANA / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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