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万見
- PDB-4ags: Leishmania TDR1 - a unique trimeric glutathione transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ags
タイトルLeishmania TDR1 - a unique trimeric glutathione transferase
要素THIOL-DEPENDENT REDUCTASE 1
キーワードTRANSFERASE / LEISHMANIASIS / DE-GLUATHIONYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Thiol-dependent reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA INFANTUM (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Westrop, G.D. / Silva, A.M. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Leishmania Tdr1 Structure, a Unique Trimeric Glutathione Transferase Capable of Deglutathionylation and Antimonial Prodrug Activation.
著者: Fyfe, P.K. / Westrop, G.D. / Silva, A.M. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Reduction of Anti-Leishmanial Pentavalent Antimonial Drugs by a Parasite-Specific Thiol-Dependent Reductase, Tdr1.
著者: Denton, H. / Mcgregor, J.C. / Coombs, G.H.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Other
改定 1.22012年8月1日Group: Database references
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOL-DEPENDENT REDUCTASE 1
B: THIOL-DEPENDENT REDUCTASE 1
C: THIOL-DEPENDENT REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,36224
ポリマ－159,5883
非ポリマー2,77521
水20,9871165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-44.3 kcal/mol
Surface area65720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.477, 58.396, 160.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4918, 0.4657, 0.7357), (-0.2641, 0.7254, -0.6357), (-0.8297, -0.5069, -0.2338)-59.45, 81.35, 163.9
2given(-0.495, -0.2704, 0.8257), (0.465, 0.7204, 0.5146), (0.734, -0.6387, -0.2309)127.9, 52.72, 133.4

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要素

#1: タンパク質 THIOL-DEPENDENT REDUCTASE 1


分子量: 53195.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA INFANTUM (幼児リーシュマニア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: A4I8P2
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.8 Å / Num. obs: 74464 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0119精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.633 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20799 3725 5 %RANDOM
Rwork0.14889 ---
obs0.15194 70625 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.404 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.14 Å20 Å2-0.61 Å2
2--5.41 Å20 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10409 0 180 1165 11754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.97815750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9093.00119618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7351458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5423.207552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.044151865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7641597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 264 -
Rwork0.193 4994 -
obs--98.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.55880.0973-0.01373.20940.99942.732-0.0155-0.5034-0.19750.36750.2421-0.59360.40080.8045-0.22660.26570.1939-0.10510.3388-0.04090.323556.2187.889124.857
21.2153-0.3517-0.78210.48860.75321.5910.06850.02380.10760.03450.0079-0.0592-0.02140.0507-0.07630.19340.0183-0.00770.01440.02910.133629.14125.863130.227
32.8116-0.4093-0.57833.45820.21411.74260.0783-0.07150.47470.09520.0511-0.0917-0.2845-0.1559-0.12940.29410.03160.04980.0365-0.05590.226413.58245.542149.875
42.0241-0.1513-0.52651.49220.62481.9601-0.0694-0.0356-0.16270.2338-0.06790.22430.148-0.48860.13730.2389-0.02760.05680.1433-0.01730.1479-0.2720.471139.328
50.68510.16690.88510.39840.91412.8318-0.0293-0.01870.0194-0.0496-0.16330.1095-0.2215-0.54670.19270.20270.0330.02650.2266-0.04260.1804-2.73517.873107.655
61.4507-1.18030.2912.9180.52053.96050.07950.19680.1417-0.5264-0.18050.0578-0.565-0.53670.1010.2750.0878-0.0760.4478-0.11420.2284-13.28413.83578.787
71.1189-0.3246-0.12940.81371.59366.00890.05090.1264-0.30.2226-0.0395-0.01490.6026-0.1262-0.01140.2714-0.0319-0.01050.0259-0.060.236711.01-7.81283.463
82.04970.19380.43020.25750.24341.197-0.0470.0821-0.0817-0.00540.0338-0.06540.14250.10180.01330.17230.02150.01350.0126-0.01660.152829.7047.23994.978
92.20430.01640.42862.5125-1.46814.0793-0.2060.22140.180.0566-0.0937-0.4184-0.20080.85730.29980.0895-0.0053-0.00620.4385-0.01390.370665.14416.91595.814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3A359 - 448
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5B111 - 341
6X-RAY DIFFRACTION6B342 - 444
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8C65 - 339
9X-RAY DIFFRACTION9C340 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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