[日本語] English
万見
- PDB-4afi: Complex between Vamp7 longin domain and fragment of delta-adaptin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afi
タイトルComplex between Vamp7 longin domain and fragment of delta-adaptin from AP3
要素AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA-1, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
キーワードENDOCYTOSIS / EXOCYTOSIS / CLATHRIN ADAPTOR / CHIMERA / FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein targeting to vacuolar membrane / synaptic vesicle coating / synaptic vesicle budding from endosome / clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated / neutrophil degranulation / synaptic vesicle membrane organization / zinc ion import into lysosome / AP-3 adaptor complex / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / anterograde synaptic vesicle transport ...regulation of protein targeting to vacuolar membrane / synaptic vesicle coating / synaptic vesicle budding from endosome / clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated / neutrophil degranulation / synaptic vesicle membrane organization / zinc ion import into lysosome / AP-3 adaptor complex / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / anterograde synaptic vesicle transport / endosome to melanosome transport / Golgi to vacuole transport / synaptic vesicle recycling / platelet dense granule organization / melanosome assembly / presynaptic endosome / eosinophil degranulation / positive regulation of NK T cell differentiation / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / SNARE complex / vesicle fusion / protein targeting to vacuole / calcium-ion regulated exocytosis / melanosome organization / positive regulation of dendrite morphogenesis / anterograde axonal transport / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to membrane / SNARE complex assembly / phagocytosis, engulfment / transport vesicle membrane / endosome to lysosome transport / pseudopodium / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular transport / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / axon cytoplasm / intracellular protein transport / phagocytic vesicle membrane / terminal bouton / apical part of cell / late endosome membrane / lamellipodium / early endosome / neuron projection / endosome membrane / postsynapse / Golgi membrane / lysosomal membrane / synapse / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane
類似検索 - 分子機能
: / AP-3 complex subunit delta domain, metazoa / AP-3 complex subunit delta-1 / Bovine leukaemia virus receptor (BLVR) / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain ...: / AP-3 complex subunit delta domain, metazoa / AP-3 complex subunit delta-1 / Bovine leukaemia virus receptor (BLVR) / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / AP-3 complex subunit delta-1 / Vesicle-associated membrane protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kent, H.M. / Evans, P.R. / Luzio, J.P. / Peden, A.A. / Owen, D.J.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of the Intracellular Sorting of the Snare Vamp7 by the Ap3 Adaptor Complex
著者: Kent, H.M. / Evans, P.R. / Schaefer, I.B. / Gray, S.R. / Sanderson, C.M. / Luzio, J.P. / Peden, A.A. / Owen, D.J.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA-1, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
B: AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA-1, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3944
ポリマ－39,1122
非ポリマー2822
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-48.7 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.555, 63.555, 217.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.766, 0.632, 0.12), (-0.639, -0.768, -0.042), (0.066, -0.109, 0.992)
ベクター: 62.345, -68.143, 13.245)

-
要素

#1: タンパク質 AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA-1, VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7 / AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA / ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 3 SUBUNIT DELTA-1 / DELTA-ADAPTIN / ...AP-3 COMPLEX SUBUNIT DELTA / ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 3 SUBUNIT DELTA-1 / DELTA-ADAPTIN / VAMP-7 / SYNAPTOBREVIN-LIKE PROTEIN 1


分子量: 19556.240 Da / 分子数: 2
断片: DELTA-ADAPTIN HINGE, RESIDUES 680-729, VAMP7 LONGIN DOMAIN, RESIDUES 1-120
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
プラスミド: PGEX4T2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: O14617, UniProt: P70280
#2: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
解説: SIGNIFICANT ANISOTROPY IN DATA. SECOND DATA SET AT 1.5 ANGSTROM UNITS. COLLECTED TO ENHANCE ANOMALOUS DATA FROM PR3+ IONS.
結晶化pH: 9
詳細: 4 M NACL, 100 MM BICINE PH 9.0, 10 MM PRASEODYMIUM ACETATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→64 Å / Num. obs: 11810 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0002精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VX8

2vx8


解像度: 2.8→61.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 18.216 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.863 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. NCS APPLIED AS LOCAL RESTRAINTS WITH ADDITIONAL TARGET OF PREVIOUS VAMP7 STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25266 551 4.7 %RANDOM
Rwork0.23057 ---
obs0.23164 11194 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.27 Å20 Å20 Å2
2--4.27 Å20 Å2
3----8.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→61.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 2 4 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.953387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18934060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6125305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88824.087115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50615420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4121512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 34 -
Rwork0.457 683 -
obs--99.72 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る