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万見
- PDB-4afd: Structural and biochemical characterization of a novel Carbohydra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afd
タイトルStructural and biochemical characterization of a novel Carbohydrate Binding Module of endoglucanase Cel5A from Eubacterium cellulosolvens with a partially bound cellotetraose moeity.
要素ENDOGLUCANASE CEL5A
キーワードHYDROLASE / FAMILY 5 GLYCOSIDE HYDROLASE / CELLULOSOME / CELLOTETRAOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1070 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / : / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Endoglucanase cel5A
類似検索 - 構成要素
生物種EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Luis, A.S. / Venditto, I. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Understanding How Noncatalytic Carbohydrate Binding Modules Can Display Specificity for Xyloglucan.
著者: Luis, A.S. / Venditto, I. / Temple, M.J. / Rogowski, A. / Basle, A. / Xue, J. / Knox, J.P. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Overproduction, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of a Novel Carbohydrate-Binding Module of Endoglucanase Cel5A from Eubacterium Cellulosolvens.
著者: Luis, A.S. / Alves, V.D. / Romao, M.J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE CEL5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5232
ポリマ－14,8561
非ポリマー6671
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.773, 48.773, 193.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2036-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE CEL5A


分子量: 14856.365 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 40-170
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3LHN3
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BETA-D-GLUCOSE (BGC): THE LIGAND IS CELLOTETRAOSE MOIETY OF A CELLOHEXAOSE SUBSTRATE USED IN A ...BETA-D-GLUCOSE (BGC): THE LIGAND IS CELLOTETRAOSE MOIETY OF A CELLOHEXAOSE SUBSTRATE USED IN A COCRYSTALLISATION EXPERIMENT, IE B-D-GLUCOPYRANOSYL-1,4-B-D-GLUCOPYRANOSYL-1, 4-B-D-GLUCOPYRANOSYL-1,4-B-D-GLUCOPYRANOSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / pH: 4.6
詳細: 101 MG/ML PROTEIN COCRYSTALLISED WITH 1 0 MM CELLOHEXAOSE AT 292 K WITH 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 26% W/V PEG 2K MME. 30% GLYCEROL WAS USED AS ...詳細: 101 MG/ML PROTEIN COCRYSTALLISED WITH 1 0 MM CELLOHEXAOSE AT 292 K WITH 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 26% W/V PEG 2K MME. 30% GLYCEROL WAS USED AS CRYOPROTECTANT IN MOTHER LIQUOR SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→42.24 Å / Num. obs: 30670 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.34→1.41 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AEK

4aek


解像度: 1.34→42.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.394 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. ASP A118 HAS BEEN GIVEN DUAL CONFORMATION. IN ONE FORM IT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. ASP A118 HAS BEEN GIVEN DUAL CONFORMATION. IN ONE FORM IT APPEARS TO HAVE REACTED WITH THE NH OF GLY A119 TO FORM A CYCLIC ENTITY, POSSIBLY OWING TO RADIATION DAMAGE. SER A45, GLU A51, ASP A59, GLN A67, GLN A71, ILE A83, GLU A100, LYS A104, ILE A111, SER A112, VAL A116, LYS A130, VAL A160, AND SER A112 ALSO HAVE ALTERNATE CONFORMATIONS. PHENIX-1.7.2-869 WAS ALSO USED FOR OCCUPANCY REFINEMENT AND FOR TLS GROUP DETERMINATION AS A PENULTIMATE STEP. RESIDUES A38 AND A166-170 ARE DISORDERED. DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. THIS DATASET HAS SPURIOUS ELECTRON DENSITY ACROSS THE POTENTIAL BINDING CLEFT. INITIALLY, A SINGLE GLUCOSE SUBUNIT WAS MODELLED INTO THE DENSITY BETWEEN TRP 108 AND THE SYMMETRY-RELATED TYR 114 AND THE MODEL WAS REFINED. SUBSEQUENTLY, A SECOND GLUCOSE SUBUNIT WAS MODELLED IN THE ELECTRON DENSITY ABOVE TRP 55. BASED ON THESE TWO SUBUNITS, A CELLOTETRAOSE MOIETY WAS DOCKED ON TO THE SURFACE AND THE LIGAND FITTING PROGRAM IN ARP/WARP WAS USED TO FIT IT BASED ON THE ELECTRON DENSITY. THIS IT DID WITH A MAP DENSITY CORRELATION OF 0.73. THE CELLOTETRAOSE MOIETY (BGC A1167-A1170) CAN ALSO BE BUILT EQUALLY WELL IN THE OPPOSITE ORIENTATION AND SHOULD BE REGARDED AS WEAKLY/PARTIALLY BOUND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18681 1522 5 %RANDOM
Rwork0.16548 ---
obs0.16655 29148 96.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1009 0 45 202 1256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.021177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6231.971627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6945155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18525.57752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48515182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.176151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.374 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 78 -
Rwork0.249 1790 -
obs--91.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.529-0.6278-0.5310.93331.121.814-0.03130.00430.00520.0080.00370.0069-0.06150.01440.02760.0455-0.0063-0.00150.00530.00350.0365-26.07238.158-3.2357
20.7110.35951.04760.80630.8811.7417-0.02140.1568-0.02570.05890.0817-0.04780.00610.2324-0.06030.0247-0.0107-0.00220.0499-0.0070.0351-13.243830.6699-11.206
30.33480.00310.12030.03010.06530.3545-0.0017-0.024-0.0054-0.00150.0166-0.00930.0106-0.0237-0.01490.046-0.0002-0.00540.0252-0.00050.0362-18.594932.51533.1607
41.7406-0.34050.71420.5330.11320.48640.0370.0216-0.05430.02540.0208-0.05150.0310.0427-0.05780.0270.0038-0.00840.01010.00150.0536-4.988826.46022.7854
50.53330.03360.12490.0789-0.03110.1683-0.0586-0.0327-0.017300.03680.01440.021-0.00840.02180.03990.0105-0.00240.02590.00870.0437-18.431826.20764.0433
60.3505-0.226-0.17210.31380.54751.2249-0.0418-0.0073-0.030.0520.01140.03060.09480.01730.03040.0518-0.00990.00080.01610.00560.0384-24.946331.162-4.0811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3A67 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5A113 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6A148 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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