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万見
- PDB-4af8: The structural basis for metacaspase substrate specificity and ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4af8
タイトルThe structural basis for metacaspase substrate specificity and activation
要素METACASPASE MCA2
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PEPTIDASE / CASPASE/HEMOGLOBIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / recycling endosome / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12660 / : / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者McLuskey, K. / Rudolf, J. / Isaacs, N.W. / Coombs, G.H. / Moss, C.X. / Mottram, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Trypanosoma Brucei Metacaspase.
著者: Mcluskey, K. / Rudolf, J. / Proto, W.R. / Isaacs, N.W. / Coombs, G.H. / Moss, C.X. / Mottram, J.C.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METACASPASE MCA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1357
ポリマ－39,9721
非ポリマー1636
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.372, 50.115, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2118-

HOH

21A-2174-

HOH

31A-2175-

HOH

41A-2177-

HOH

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要素

#1: タンパク質 METACASPASE MCA2


分子量: 39972.336 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
株: LISTER 427 / プラスミド: PGL2046 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q585F3
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 213 TO GLY
配列の詳細Q585F3 IS THE NEAREST UNIPROT ENTRY TO MCA2 FROM T. BRUCEI STRAIN 427. T. BRUCEI 427 MCA2 IS NOT ...Q585F3 IS THE NEAREST UNIPROT ENTRY TO MCA2 FROM T. BRUCEI STRAIN 427. T. BRUCEI 427 MCA2 IS NOT YET AVAILABLE IN UNIPROT. UNIPROT Q585F3 DIFFERS FROM THIS ENTRY AT POSITIONS 106 (LYS/ARG) AND 315 (GLY/ARG).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 50 MM HEPES PH 7.0, 0.1% TRYPTONE, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40.7 Å / Num. obs: 56770 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PARIALLY-REFINED SEMET DERIVATIVE

解像度: 1.4→76.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES 1-2, 166-170, AND 269-275 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17767 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.15257 ---
obs0.15389 53896 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→76.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 6 292 2840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.9624087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2295413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00824.074135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65615522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9971.51891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69123089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16431088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3034.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.98532979
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 168 -
Rwork0.177 3287 -
obs--80.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.7277 Å / Origin y: 34.297 Å / Origin z: -18.3616 Å
111213212223313233
T0.0055 Å20.0007 Å20.0002 Å2-0.0008 Å2-0.0013 Å2--0.0076 Å2
L0.3288 °2-0.0544 °20.0152 °2-0.1387 °2-0.0397 °2--0.2629 °2
S0.0116 Å °0.0004 Å °-0.008 Å °-0.0123 Å °-0.0064 Å °0.0004 Å °-0.0064 Å °-0.0054 Å °-0.0052 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 55
2X-RAY DIFFRACTION1A56 - 265
3X-RAY DIFFRACTION1A276 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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