[日本語] English
万見
- PDB-4adq: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MOUSE COLONY-STIMULATING FACTOR 1 (MCSF-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MOUSE COLONY-STIMULATING FACTOR 1 (MCSF-1) CYTOKINE IN COMPLEX WITH THE VIRAL RECEPTOR BARF1
要素
  • MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
  • SECRETED PROTEIN BARF1
キーワードIMMUNE SYSTEM/RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR COMPLEX / RTKIII / EXTRACELLULAR / CYTOKINE RECEPTOR-CYTOKINE COMPLEX / FOUR-HELIX BUNDLE / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / ONCOGENE / CYTOKINE/SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


Other interleukin signaling / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex ...Other interleukin signaling / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell migration / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of macrophage proliferation / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of macrophage chemotaxis / monocyte differentiation / macrophage differentiation / regulation of ossification / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein metabolic process / ossification / osteoclast differentiation / cytokine activity / response to ischemia / growth factor activity / Ras protein signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BARF1 second Ig-like domain / Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Four-helical cytokine-like, core / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted protein BARF1 / Macrophage colony-stimulating factor 1 / Secreted protein BARF1
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Elegheert, J. / Bracke, N. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Allosteric Competitive Inactivation of Hematopoietic Csf-1 Signaling by the Viral Decoy Receptor Barf1.
著者: Elegheert, J. / Bracke, N. / Pouliot, P. / Gutsche, I. / Shkumatov, A.V. / Tarbouriech, N. / Verstraete, K. / Bekaert, A. / Burmeister, W.P. / Svergun, D.I. / Lambrecht, B.N. / Vergauwen, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2012年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SECRETED PROTEIN BARF1
B: SECRETED PROTEIN BARF1
C: SECRETED PROTEIN BARF1
D: SECRETED PROTEIN BARF1
E: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
F: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
G: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
H: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,64712
ポリマ－165,1398
非ポリマー2,5084
水00
1
A: SECRETED PROTEIN BARF1
D: SECRETED PROTEIN BARF1
E: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
F: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子

A: SECRETED PROTEIN BARF1
D: SECRETED PROTEIN BARF1
E: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
F: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子

A: SECRETED PROTEIN BARF1
D: SECRETED PROTEIN BARF1
E: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
F: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,22818
ポリマ－247,70912
非ポリマー3,5196
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area30930 Å2
ΔGint-186.5 kcal/mol
Surface area112620 Å2
手法PISA
2
B: SECRETED PROTEIN BARF1
C: SECRETED PROTEIN BARF1
G: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
H: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子

B: SECRETED PROTEIN BARF1
C: SECRETED PROTEIN BARF1
G: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
H: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子

B: SECRETED PROTEIN BARF1
C: SECRETED PROTEIN BARF1
G: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
H: MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,71418
ポリマ－247,70912
非ポリマー4,0066
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area31140 Å2
ΔGint-190.8 kcal/mol
Surface area112930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.750, 234.750, 96.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.6637, -0.748, 0.0052), (-0.7479, -0.6637, -0.0042), (0.0066, -0.0011, -1)0.3084, -0.102, -40.1119
2given(0.6625, -0.749, 0.0015), (-0.749, -0.6625, 0.007), (-0.0042, -0.0058, -1)0.0741, 0.0738, -40.4821
3given(0.6981, -0.7129, 0.0658), (-0.7063, -0.7009, -0.0996), (0.1172, 0.0231, -0.9928)1.7183, -6.3739, -83.1758
4given(0.6351, -0.7724, 0.0085), (-0.7724, -0.6349, 0.0175), (-0.0081, -0.0176, -0.9998)-0.5144, -1.523, -40.3845
5given(0.9922, -0.0871, -0.0888), (0.0911, 0.9949, 0.0429), (0.0846, -0.0507, 0.9951)-0.2093, -1.0458, -43.0755

-
要素

#1: タンパク質
SECRETED PROTEIN BARF1 / BARF1 / 33 KDA EARLY PROTEIN / P33


分子量: 23412.654 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CW72, UniProt: P03228*PLUS
#2: タンパク質
MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1 / CSF-1 / M-CSF / MCSF / PROCESSED MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR 1


分子量: 17872.107 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 21-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: P07141
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 169 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 169 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 169 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 169 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 169 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 169 TO SER
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97887
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→40 Å / Num. obs: 11082 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 138.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 4.5→4.62 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2CH8 AND 3UF5

2ch8

3uf5


解像度: 4.5→117.375 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1112 10.04 %
Rwork0.2226 --
obs0.2265 11078 94.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 164.595 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 187.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.3592 Å20 Å20 Å2
2---22.3592 Å20 Å2
3---44.7184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→117.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10591 0 167 0 10758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71314959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9244057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5001-4.70490.3491410.3271252X-RAY DIFFRACTION94
4.7049-4.9530.3341360.28061245X-RAY DIFFRACTION94
4.953-5.26330.30691380.26571237X-RAY DIFFRACTION95
5.2633-5.66970.3411300.24611186X-RAY DIFFRACTION90
5.6697-6.24020.25861450.2231266X-RAY DIFFRACTION96
6.2402-7.14310.30481440.22711267X-RAY DIFFRACTION96
7.1431-8.9990.21271430.17511252X-RAY DIFFRACTION96
8.999-117.41490.18861350.17991261X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る