PDB-4ack: 3D Structure of DotU from Francisella novicida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ack

タイトル

3D Structure of DotU from Francisella novicida

要素

TSSL

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T6SS / MICROBIAL SURFACE STRUCTURES / VIRULENCE FACTOR

機能・相同性

Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU / Type IV / VI secretion system, DotU superfamily / Type VI secretion system protein DotU / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / BROMIDE ION / Type IV / VI secretion system DotU domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

FRANCISELLA NOVICIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Robb, C.S. / Nano, F.E. / Boraston, A.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structure of the Conserved Type Six Secretion Protein Tssl (Dotu) from Francisella Novicida
著者: Robb, C.S. / Nano, F.E. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Other
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ack.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ack.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ack.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ack_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ack_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	4ack_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4ack_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4ack ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4ack	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aclC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mbs-d 4bsx-2 3ogb-d 4acl-1 5kgw-d 4bsx-4 1hyz-d 4bsx-1 4jlh-d 2v1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TSSL

B: TSSL

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TSSL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TSSL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.660, 85.840, 67.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TSSL 分子量: 22137.117 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-185 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) FRANCISELLA NOVICIDA (バクテリア) 株: U112 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0Q7H7
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.115 M KBR, 0.1 M TRIS, PH 8.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→65.99 Å / Num. obs: 24116 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→65.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.774 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A23-25 B24 B113-114 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25118	1227	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19391	-	-	-
obs	0.19691	22858	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	2.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→65.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2576	0	28	139	2743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.964	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.064	24.892	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.211	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.775	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.317	1.5	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.401	2	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.363	3	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.242	4.5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	90	-
R_work	0.239	1726	-
obs	-	-	99.89 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)