PDB-4acf: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GLUTAMINE SYNTHET...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4acf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GLUTAMINE SYNTHETASE IN COMPLEX WITH IMIDAZOPYRIDINE INHIBITOR ((4-(6-BROMO-3-(BUTYLAMINO)IMIDAZO(1,2-A)PYRIDIN-2-YL)PHENOXY) ACETIC ACID) AND L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE.

要素

GLUTAMINE SYNTHETASE 1

キーワード

LIGASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SYNTHETASE / TRI-SUBSTITUTED IMIDAZOLE / TAUT STATE / RV2220 / MT2278 / GLNA1

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen utilization / positive regulation of plasminogen activation / cell wall / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / zymogen binding / fibronectin binding / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nilsson, M.T. / Mowbray, S.L.

引用

ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2012
タイトル: Synthesis, Biological Evaluation and X-Ray Crystallographic Studies of Imidazo(1,2-A)Pyridine-Based Mycobacterium Tuberculosis Glutamine Synthetase Inhibitors
著者: Nordqvist, A. / Nilsson, M.T. / Lagerlund, O. / Muthas, D. / Gising, J. / Yahiaoui, S. / Odell, L.R. / Srinivasa, B.R. / Larhed, M. / Mowbray, S.L. / Karlen, A.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4acf.cif.gz	605.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4acf.ent.gz	497.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4acf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4acf_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4acf_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	4acf_validation.xml.gz	116.2 KB	表示
CIF形式データ	4acf_validation.cif.gz	169.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bvcS 1hto 1htq 2wgs 2whi 3zxr 3zxv S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2whi-1 3zxr-1 2bvc-1 1f52-d 1htq-2 1hto-1 1fpy-d 3zxv-1 1hto-2 1htq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (15)

登録構造単位

A: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

B: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

C: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

D: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

E: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

F: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

B: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

C: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

D: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

E: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

F: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

A: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

B: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

C: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

D: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

E: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

F: GLUTAMINE SYNTHETASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
666 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.590, 227.390, 202.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	5 - 402
2	1	1	4	B	5 - 402
3	1	1	4	C	5 - 402
4	1	1	4	D	5 - 402
5	1	1	4	E	5 - 402
6	1	1	4	F	5 - 402
1	1	2	4	A	416 - 478
2	1	2	4	B	416 - 478
3	1	2	4	C	416 - 478
4	1	2	4	D	416 - 478
5	1	2	4	E	416 - 478
6	1	2	4	F	416 - 478
1	1	3	1	A	501 - 921
2	1	3	1	B	501 - 921
3	1	3	1	C	501 - 921
4	1	3	1	D	501 - 921
5	1	3	1	E	501 - 921
6	1	3	1	F	501 - 921

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix
1	given	(0.517068, 0.850975, -0.092099), (-0.850731, 0.499078, -0.164856), (-0.094324, 0.163593, 0.982008)
2	given	(-0.442225, 0.850522, -0.284692), (-0.849523, -0.499006, -0.171183), (-0.287658, 0.166151, 0.943211)
3	given	(-0.92279, 0.000635, -0.385303), (-0.002084, -0.999992, 0.003341), (-0.385298, 0.003886, 0.922784)
4	given	(-0.444996, -0.848616, -0.286058), (0.846078, -0.503078, 0.176253), (-0.29348, -0.163595, 0.941863)
5	given	(0.516762, -0.850726, -0.096035), (0.850189, 0.496747, 0.174416), (-0.100675, -0.17178, 0.979978)

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	GLUTAMINE SYNTHETASE 1 / GLUTAMATE--AMMONIA LIGASE 1 分子量: 54584.730 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-478 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PCR T7/CT-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ4745 参照: UniProt: P0A590, UniProt: P9WN39*PLUS, glutamine synthetase

#1: タンパク質

GLUTAMINE SYNTHETASE 1 / GLUTAMATE--AMMONIA LIGASE 1

分子量: 54584.730 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-478 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PCR T7/CT-TOPO / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ4745
参照: UniProt: P0A590, UniProt: P9WN39*PLUS, glutamine synthetase

-
非ポリマー , 6種, 1974分子

#2: 化合物	ChemComp-46B / {4-[6-BROMO-3-(BUTYLAMINO)IMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-2-YL]PHENOXY}ACETIC ACID 分子量: 418.284 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀BrN₃O₃
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-P3S / L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE 分子量: 260.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃N₂O₆PS
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	PROTEIN EXPRESSED IN FUSION WITH A N-TERMINAL 9 AMINO ACID PEPTIDE CONTAINING A SIX HISTIDINE ...PROTEIN EXPRESSED IN FUSION WITH A N-TERMINAL 9 AMINO ACID PEPTIDE CONTAINING A SIX HISTIDINE PURIFICATION TAG. E. COLI STRAIN GJ4745 IS ADENYLYLTRANSFERASE DEFICIENT ( GLNE-)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 39% (V/V) PEG 400) AND PROTEIN SOLUTION (13 G/L IN 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.125 M SODIUM CHLORIDE, 0.004 M ...詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 39% (V/V) PEG 400) AND PROTEIN SOLUTION (13 G/L IN 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.125 M SODIUM CHLORIDE, 0.004 M MAGNESIUM CHLORIDE, 4%(V/V) DMSO, 0.001 M INHIBITOR, 0.004 M MSOP), HANGING-DROP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 294K.

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EQUAL VOLUMES OF MOTHER LIQUOR (0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 39% (V/V) PEG 400) AND PROTEIN SOLUTION (13 G/L IN 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 0.125 M SODIUM CHLORIDE, 0.004 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0683
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0683 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 192509 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2BVC

2bvc

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 403-415 ARE EXCLUDED FROM THE NCS DUE TO DIFFERENCES AS A RESULT OF CRYSTAL CONTACTS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19771	10190	5 %	RANDOM
R_work	0.16533	-	-	-
obs	0.16695	192509	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.118 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22572	0	306	1926	24804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	23484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	15828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.966	31944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.118	3	38442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.277	5	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.756	24.197	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.94	15	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.054	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	26478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.667	1.5	14268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.195	2	23004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.963	3	9216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.077	4.5	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
3	1	A	393	tight positional	0.07	0.05
3	2	B	393	tight positional	0.07	0.05
3	3	C	393	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	393	tight positional	0.07	0.05
3	5	E	393	tight positional	0.08	0.05
3	6	F	393	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	5302	medium positional	0.13	0.5
1	2	B	5302	medium positional	0.12	0.5
1	3	C	5302	medium positional	0.12	0.5
1	4	D	5302	medium positional	0.13	0.5
1	5	E	5302	medium positional	0.15	0.5
1	6	F	5302	medium positional	0.12	0.5
2	1	A	885	medium positional	0.13	0.5
2	2	B	885	medium positional	0.16	0.5
2	3	C	885	medium positional	0.11	0.5
2	4	D	885	medium positional	0.12	0.5
2	5	E	885	medium positional	0.12	0.5
2	6	F	885	medium positional	0.12	0.5
3	1	A	393	tight thermal	0.26	0.5
3	2	B	393	tight thermal	0.26	0.5
3	3	C	393	tight thermal	0.31	0.5
3	4	D	393	tight thermal	0.2	0.5
3	5	E	393	tight thermal	0.31	0.5
3	6	F	393	tight thermal	0.32	0.5
1	1	A	5302	medium thermal	0.94	2
1	2	B	5302	medium thermal	1.04	2
1	3	C	5302	medium thermal	1.31	2
1	4	D	5302	medium thermal	0.74	2
1	5	E	5302	medium thermal	1.33	2
1	6	F	5302	medium thermal	1.19	2
2	1	A	885	medium thermal	0.77	2
2	2	B	885	medium thermal	0.75	2
2	3	C	885	medium thermal	1.23	2
2	4	D	885	medium thermal	0.64	2
2	5	E	885	medium thermal	1.15	2
2	6	F	885	medium thermal	0.93	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	687	-
R_work	0.226	13294	-
obs	-	-	93.79 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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