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- PDB-4acb: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB FROM METH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4acb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB FROM METHANOCOCCUS MARIPALUDIS IN COMPLEX WITH THE GTP ANALOGUE GPPNHP
要素TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
キーワードTRANSLATION / SELENOCYSTEINE / SECIS ELEMENT / EF-SEC / SEC-TRNA(SEC)
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine incorporation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Archaeal selenocysteine-specific elongation factor, domain III / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L35A superfamily ...: / Archaeal selenocysteine-specific elongation factor, domain III / translation elongation factor selb, chain A, domain 4 / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L35A superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Selenocysteine-specific elongation factor
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Leibundgut, M. / Frick, C. / Thanbichler, M. / Boeck, A. / Ban, N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Selenocysteine tRNA-Specific Elongation Factor Selb is a Structural Chimaera of Elongation and Initiation Factors.
著者: Leibundgut, M. / Frick, C. / Thanbichler, M. / Bock, A. / Ban, N.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2012年11月7日ID: 1WB3
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 0-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
B: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
C: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
D: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,28822
ポリマ－216,5864
非ポリマー4,70218
水1086
1
A: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6933
ポリマ－54,1471
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5627
ポリマ－54,1471
非ポリマー1,4156
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,88611
ポリマ－54,1471
非ポリマー2,74010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1471
ポリマ－54,1471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.630, 146.630, 297.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
TRANSLATION ELONGATION FACTOR SELB / MJ0495-LIKE PROTEIN


分子量: 54146.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (古細菌)
株: JJ / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 2067) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8J307

-
非ポリマー , 7種, 24分子

#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION (MG A1470): FOUR WATERS OF THE COORDINATION SPHERE SUBSTITUTED BY OG1 ...HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION (MG A1470): FOUR WATERS OF THE COORDINATION SPHERE SUBSTITUTED BY OG1 OF TWO THR AND O2B OR O1G OF GNP, RESPECTIVELY HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION (MG B1470): TWO WATERS OF THE COORDINATION SPHERE SUBSTITUTED BY OG1 OF THR AND O2B OF GDP, RESPECTIVELY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
解説: THE INCREASED MERGING R VALUE IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL OF 1.44 IS DUE TO ANISOTROPY OF THE DATA
結晶化詳細: 10 MM KCL,20 MM TRIS/HCL (PH 7.5), 40 MM MGSO4, 2 MM DTT, 3 MM GDP, 1.8 - 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE (PH 6.0), 1 MM DEOXYCHOLIC ACID

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→35 Å / Num. obs: 102021 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 104.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル解像度: 3.34→3.54 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 4AC9

4ac9


解像度: 3.34→19.938 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.75 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: A FOBS OVER SIGMA_FOBS CUTOFF OF 0.75 WAS APPLIED OWING TO ANISOTROPY OF THE DATA. THE MODEL WAS REFINED AGAINST ANOMALOUSLY SCALED DATA
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 3599 4.2 %
Rwork0.179 --
obs0.1809 85487 82.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 198.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→19.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14305 0 312 6 14623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1520055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.695666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042455
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3401-3.38380.3731050.34582206X-RAY DIFFRACTION59
3.3838-3.42990.3578950.31482250X-RAY DIFFRACTION60
3.4299-3.47870.35371150.3042514X-RAY DIFFRACTION65
3.4787-3.53030.31971140.27892457X-RAY DIFFRACTION66
3.5303-3.58520.30961070.2682517X-RAY DIFFRACTION65
3.5852-3.64360.27471100.24972564X-RAY DIFFRACTION68
3.6436-3.7060.27061160.25262777X-RAY DIFFRACTION74
3.706-3.7730.25521290.22292878X-RAY DIFFRACTION75
3.773-3.84510.25141170.21442860X-RAY DIFFRACTION74
3.8451-3.9230.24431260.20042926X-RAY DIFFRACTION78
3.923-4.00760.22121310.18582984X-RAY DIFFRACTION78
4.0076-4.10.23481360.17793131X-RAY DIFFRACTION81
4.1-4.20160.17911420.16313206X-RAY DIFFRACTION84
4.2016-4.31410.1961460.13713298X-RAY DIFFRACTION87
4.3141-4.43970.17681540.13343420X-RAY DIFFRACTION90
4.4397-4.58140.14511530.12943459X-RAY DIFFRACTION91
4.5814-4.7430.17911610.12573520X-RAY DIFFRACTION92
4.743-4.93010.18691570.13183506X-RAY DIFFRACTION93
4.9301-5.15080.19261570.14023578X-RAY DIFFRACTION94
5.1508-5.41720.23221580.16133618X-RAY DIFFRACTION94
5.4172-5.7490.23171580.17243569X-RAY DIFFRACTION96
5.749-6.18060.27281600.18223690X-RAY DIFFRACTION96
6.1806-6.78020.23841680.18073685X-RAY DIFFRACTION97
6.7802-7.71120.23461670.17023764X-RAY DIFFRACTION98
7.7112-9.53510.18071600.16323757X-RAY DIFFRACTION99
9.5351-19.93860.23151570.19813754X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6916-0.53850.15355.61730.95386.2583-0.3294-0.8995-0.23720.5150.02610.78920.3375-1.10570.28930.6867-0.14520.04441.7339-0.12660.914628.1802-37.8796-50.2099
26.4735-0.85623.09866.2919-2.96553.0804-0.29960.09450.3716-0.05220.40650.6338-0.5375-0.4259-0.1521.17650.4616-0.02831.0754-0.05320.975644.0224-13.3827-9.7049
35.6969-0.0568-1.66182.8313-0.92177.3375-0.10820.6768-0.1877-0.36140.10730.05210.2902-0.2757-0.03590.69060.047-0.05970.6911-0.03870.619668.9321-49.689924.1196
40.8609-2.8074-0.69728.8753-1.17322.9439-0.38390.26670.9765-0.52610.56621.3609-0.9745-0.9241-0.28942.85140.9024-0.19771.8501-0.17412.634230.803515.7246-17.6783
56.1143-0.1007-2.10357.53024.14433.2184-0.2223-3.1260.73670.7196-0.2484-0.12680.6613-1.29090.12691.4720.3357-0.22343.6159-0.57681.274818.6487-24.6112-27.6717
69.11672.3976-1.35517.7016-0.73117.8467-0.2921-0.94840.10660.70610.2810.1383-0.7192-0.15860.03070.89220.2514-0.07790.8846-0.00460.516458.5145-27.50398.4956
77.544-1.00181.09029.05031.79087.62470.13620.15910.3244-0.79570.0172-0.9053-0.49121.5417-0.2090.6187-0.10090.18820.95760.0670.660992.5303-46.256711.824
84.645-1.08471.57784.82250.53032.5287-0.4278-0.656-0.6991-1.64991.1013-0.4793-1.6247-0.4218-0.39944.74370.7624-0.16811.97970.2282.514839.300432.1704-36.01
98.102-3.9232-0.09257.12780.49111.2399-0.04980.272-0.1605-0.4895-0.42860.89140.1447-1.53940.65531.19060.1628-0.08853.3554-0.49971.68060.4134-27.8644-51.6465
107.44710.1479-5.37659.2452-0.58465.82140.43910.8366-0.6795-1.27330.16761.81090.1798-2.371-0.6171.2089-0.139-0.3181.99710.25021.196930.1913-37.36311.4771
113.329-0.1761-2.00233.4064-1.49216.379-0.0441-0.4229-0.26030.1354-0.2539-0.3284-0.45181.02440.31460.53910.0724-0.08841.23560.02390.808394.3118-53.400341.8289
126.60712.52691.63484.55011.41150.3831-1.00670.58660.8222-0.57050.5253-1.4906-1.61850.2360.63123.1428-0.2013-0.41531.3492-0.19061.97261.423215.3474-25.1932
135.181.0734.21145.90121.08323.37420.084-0.83990.82110.7424-0.696-0.545-1.30950.02250.75931.8859-0.0592-0.27413.76290.07562.2539-24.7568-22.207-76.1033
145.27663.61360.98733.8291-1.27152.7356-0.70581.09233.5966-0.34090.3382.0370.1059-2.49960.43672.1634-0.0508-0.51442.89320.58142.8839-1.7542-50.3357-0.8769
156.6592-0.48786.4436.9997-3.09219.79530.1797-0.0825-0.07370.6533-0.4211-1.24430.48640.570.16371.34270.3011-0.14951.79620.02211.3072111.2807-55.188774.0216
163.00421.1086-1.76217.7027-3.55972.09191.9603-2.18760.37530.2525-1.1298-2.6377-0.1119-0.0035-0.7523.2693-0.80040.08952.4598-0.05123.558195.97457.3887-16.0496
179.95234.66517.15043.69744.17455.5860.0766-1.73740.54161.4875-0.173-1.5918-0.9243.17880.04082.9930.6469-1.76422.2983-0.41744.369630.1397-21.7803-14.9504
184.87054.32990.24284.32941.6844.5209-0.78630.46171.1222-0.34820.37840.4702-0.0931.07540.18612.1445-0.8259-0.89221.90980.76762.07275.5051-25.02534.4711
197.9145-6.3961-4.17017.02925.73065.20751.4158-2.4866-1.58591.0817-1.69671.15281.1991-0.63150.22051.8026-0.36220.511.10240.25731.045870.2126-61.763440.4616
207.59031.2501-5.39115.50760.57436.603-0.48990.5346-0.6547-0.4331.1235-0.02791.5758-1.4917-0.31961.2619-0.3826-0.57191.4657-0.18431.157548.4485-56.823727.147
215.13233.385-1.39344.21332.576.5222-0.02751.98460.3767-0.5003-0.6571.3796-0.4714-1.61830.48340.47280.09420.09211.7889-0.05210.812249.1086-49.794430.6364
229.64375.09393.24986.44010.07461.8066-0.0757-0.4724-1.42690.5453-0.8544-0.46310.9308-0.11870.6761.44450.16610.11460.8432-0.00480.408579.5748-58.568853.7061
23222222.00016.8943-10.92115.599123.6516-2.982-3.8514-5.3587-39.453-3.94962.8997-0.47870.16274.1744-0.90421.620348.9828-35.9443-10.5015
241.9999-3.1919-7.96593.12164.19076.74324.1933-56.2226-5.47297.33216.708642.56112.1671-33.4043-10.92152.36240.22230.25323.32940.47742.893972.6827-37.9025.1068
253.3533.35522.00963.35891.97871.9759-1.868-7.87516.50563.82911.38527.7226-8.2021-28.74210.45381.8588-0.3268-0.53722.39350.19961.302679.5308-49.421743.6132
2625.88342.0001222-2.204312.66910.046431.48825.3002-12.49465.39460.22-3.12282.1244-0.034-0.26532.26350.55331.60475.8303-45.373847.1238
2722224.14876.25542.8443-1.8573-19.69938.4588-4.7516-21.776711.5258-7.81191.86661.22110.148-0.02672.1458-0.381.621113.28-54.509557.617
281.9999221.999921.9999-0.071310.2881-6.4012-12.4744-1.00172.7868-17.06545.96621.07111.33910.39780.45871.35030.88771.900989.619-65.839354.9117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((CHAIN A AND RESID 0:179) OR (CHAIN A AND RESID 1469:1470) OR (CHAIN A AND RESID 2002:2004))
2X-RAY DIFFRACTION2((CHAIN B AND RESID 1:179) OR (CHAIN B AND RESID 1469:1470) OR (CHAIN B AND RESID 2001:2004))
3X-RAY DIFFRACTION3((CHAIN C AND RESID -2:179))
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID 2:179)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 180:270)
6X-RAY DIFFRACTION6((CHAIN B AND RESID 180:270) OR (CHAIN B AND RESID 1473))
7X-RAY DIFFRACTION7((CHAIN C AND RESID 180:270) OR (CHAIN C AND RESID 1475))
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 180:270)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 271:388)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 271:388)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 271:388)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN D AND RESID 271:388)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 389:468)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 389:468)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 389:468)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 389:468)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 1474)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 1476)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN C AND RESID 1477)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN C AND RESID 1478)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN C AND RESID 1479)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN C AND RESID 1480)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 1471)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 1472)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN C AND RESID 1471)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN C AND RESID 1472)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN C AND RESID 1473)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN C AND RESID 1481)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る