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- PDB-4ac8: R2-like ligand binding Mn-Fe oxidase from M. tuberculosis with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ac8
タイトルR2-like ligand binding Mn-Fe oxidase from M. tuberculosis with an organized C-terminal helix
要素R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIMETAL COFACTOR / MONOOXYGENASE / METALLOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / deoxyribonucleotide biosynthetic process / manganese ion binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
R2-like ligand binding oxidase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / MYRISTIC ACID / R2-like ligand binding oxidase / R2-like ligand binding oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Andersson, C.S. / Berthold, C.L. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Chem.Biodivers. / 年: 2012
タイトル: A Dynamic C-Terminal Segment in the Mycobacterium Tuberculosis Mn/Fe R2Lox Protein Can Adopt a Helical Structure with Possible Functional Consequences.
著者: Andersson, C.S. / Berthold, C.L. / Hogbom, M.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
B: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
C: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
D: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,67019
ポリマ－147,1414
非ポリマー1,52915
水1,58588
1
C: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
D: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2498
ポリマ－73,5702
非ポリマー6786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-53.2 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
2
A: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
B: R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,42111
ポリマ－73,5702
非ポリマー8519
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-50.2 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.990, 210.850, 139.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 310 / Label seq-ID: 11 - 319

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, 0.002), (-1, -0.016), (0.002, -0.016, 1)8.38358, 105.41907, 0.79889
2given(-0.576, -0.817, 0.022), (-0.816, 0.577, 0.04), (-0.045, 0.005, -0.999)22.03534, 77.798, 40.16528
3given(0.577, 0.817, 0.006), (0.816, -0.577, 0.032), (0.029, -0.014, -0.999)-14.13584, 26.17659, 37.80369

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
R2-LIKE LIGAND BINDING OXIDASE / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 SUBUNIT HOMOLOG / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL SUBUNIT HOMOLOG


分子量: 36785.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT LINK BETWEEN V71 (CB) AND Y162 (OH)
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PCR-T7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96416, UniProt: P9WH69*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase

-
非ポリマー , 6種, 103分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.127
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→36.72 Å / Num. obs: 39247 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 49.379 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.75
反射 シェル解像度: 2.75→2.83 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EE4

3ee4


解像度: 2.75→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 13.585 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE SIDE CHAINS OF RESIDUE V71 AND Y162 ARE COVALENTLY CROSSLINKED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1963 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 37284 92.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9939 0 80 88 10107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1211.94813870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.41951235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77623.015544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.546151636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.64215108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2481 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.280.5
2Bmedium positional0.290.5
3Cmedium positional0.280.5
4Dmedium positional0.310.5
1Amedium thermal5.862
2Bmedium thermal6.212
3Cmedium thermal6.882
4Dmedium thermal5.522
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 139 -
Rwork0.266 2659 -
obs--94.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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