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- PDB-4aag: Crystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aag
タイトルCrystal structure of the mutant D75N I-CreI in complex with its wild- type target in presence of Ca at the active site (The four central bases, 2NN region, are composed by GTAC from 5' to 3')
要素
  • 5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*CP *GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3'
  • DNA ENDONUCLEASE I-CREI
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / GENE TARGETING / PROTEIN-DNA INTERACTION / HOMING ENDONUCLEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / chloroplast / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA endonuclease I-CreI
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Molina, R. / Redondo, P. / Stella, S. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F. / Epinat, J.C. / Valton, J. / Grizot, S. / Duchateau, P. ...Molina, R. / Redondo, P. / Stella, S. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F. / Epinat, J.C. / Valton, J. / Grizot, S. / Duchateau, P. / Prieto, J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Non-Specific Protein-DNA Interactions Control I-Crei Target Binding and Cleavage.
著者: Molina, R. / Redondo, P. / Stella, S. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Charles Epinat, J. / Valton, J. / Grizot, S. / Duchateau, P. / Prieto, J. / Montoya, G.
履歴
登録2011年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
B: DNA ENDONUCLEASE I-CREI
E: 5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*CP *GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*CP *GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8486
ポリマ－49,7684
非ポリマー802
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-89.4 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.469, 71.413, 171.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 DNA ENDONUCLEASE I-CREI / 23S RRNA INTRON PROTEIN / I-CREI


分子量: 17515.137 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P05725, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*CP *GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3'


分子量: 7368.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 75 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 75 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.1M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.47 Å / Num. obs: 15005 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XE0

2xe0


解像度: 2.8→45.743 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 1496 10.02 %
Rwork0.1735 --
obs0.1811 14934 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.086 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9561 Å20 Å20 Å2
2---17.5758 Å20 Å2
3---11.6197 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 978 2 40 3479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9285067
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7431409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.89040.42481310.30871187X-RAY DIFFRACTION99
2.8904-2.99370.37231350.25411208X-RAY DIFFRACTION100
2.9937-3.11350.30671340.22691199X-RAY DIFFRACTION99
3.1135-3.25520.30981330.20261196X-RAY DIFFRACTION100
3.2552-3.42680.24321350.19491211X-RAY DIFFRACTION99
3.4268-3.64140.281320.18331191X-RAY DIFFRACTION100
3.6414-3.92240.23221360.17111223X-RAY DIFFRACTION99
3.9224-4.31680.24471360.13861221X-RAY DIFFRACTION99
4.3168-4.94090.1881360.12861216X-RAY DIFFRACTION99
4.9409-6.22250.24611400.15991253X-RAY DIFFRACTION100
6.2225-45.74950.21431480.16611333X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1361 Å / Origin y: -27.0071 Å / Origin z: -23.6519 Å
111213212223313233
T0.1575 Å2-0.0592 Å20.0295 Å2-0.1399 Å2-0.0736 Å2--0.2169 Å2
L1.4844 °2-0.8421 °2-0.5835 °2-2.4013 °20.8116 °2--1.6044 °2
S0.0002 Å °0.0133 Å °0.0397 Å °0.1096 Å °-0.2193 Å °0.045 Å °0.0267 Å °-0.0777 Å °0.1759 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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