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- PDB-4a99: STRUCTURE OF THE TETRACYCLINE DEGRADING MONOOXYGENASE TETX IN COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a99
タイトルSTRUCTURE OF THE TETRACYCLINE DEGRADING MONOOXYGENASE TETX IN COMPLEX WITH MINOCYCLINE
要素TETX2 PROTEIN
キーワードFLAVOPROTEIN / TETRACYCLINE DEGRADATION / MONOOXYGENASE / FLAVIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tetracycline 11a-monooxygenase / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent monooxygenase TetX / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-MIY / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Volkers, G. / Palm, G.J. / Weiss, M.S. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Putative Dioxygen-Binding Sites and Recognition of Tigecycline and Minocycline in the Tetracycline-Degrading Monooxygenase Tetx
著者: Volkers, G. / Damas, J.M. / Palm, G.J. / Panjikar, S. / Soares, C.M. / Hinrichs, W.
履歴
登録2011年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETX2 PROTEIN
B: TETX2 PROTEIN
C: TETX2 PROTEIN
D: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,57626
ポリマ－178,8144
非ポリマー7,76322
水11,530640
1
A: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5005
ポリマ－44,7031
非ポリマー1,7974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2356
ポリマ－44,7031
非ポリマー1,5315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6927
ポリマ－44,7031
非ポリマー1,9896
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TETX2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1508
ポリマ－44,7031
非ポリマー2,4467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.878, 80.334, 86.627
Angle α, β, γ (deg.)110.82, 90.27, 93.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: MIY / End label comp-ID: MIY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 13 - 391 / Label seq-ID: 23

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - F
2BB - J
3CC - O
4DD - U

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.99997, -0.006106, 0.004676), (-0.00611, -0.999981, 0.000783), (0.004671, -0.000811, -0.999989)-29.49111, 35.78112, 54.88291
3given(-0.998974, -0.004699, 0.045039), (0.009738, 0.94904, 0.315007), (-0.044224, 0.315122, -0.94802)-34.63551, 7.59569, 61.91875
4given(-0.998902, 0.007645, -0.046223), (0.007329, -0.948953, -0.315332), (-0.046275, -0.315325, 0.947855)2.59157, -17.68111, -2.67194

-
要素

#1: タンパク質
TETX2 PROTEIN


分子量: 44703.395 Da / 分子数: 4 / 断片: FAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 11-388 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MIY / (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE / MINOCYCLINE


分子量: 457.476 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O7 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→80.94 Å / Num. obs: 86443 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 2.18→2.31 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XDO

2xdo


解像度: 2.18→80.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.247 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23476 4301 5 %RANDOM
Rwork0.18462 ---
obs0.18713 82141 95.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20.31 Å20.03 Å2
2--0.99 Å21.27 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→80.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11496 0 526 640 12662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9182.03216770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15551462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23525.624585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.548151991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0341552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.21837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2923 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.090.05
2Btight positional0.10.05
3Ctight positional0.070.05
4Dtight positional0.080.05
1Atight thermal3.790.5
2Btight thermal3.370.5
3Ctight thermal3.440.5
4Dtight thermal3.520.5
LS精密化 シェル解像度: 2.179→2.236 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 197 -
Rwork0.266 3857 -
obs--60.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17030.39140.80751.2534-0.13962.33740.0209-0.0441-0.0276-0.0290.0190.13060.0379-0.1967-0.03990.1078-0.0139-0.00290.11390.00730.1808-15.8467-0.868814.9502
21.18140.38390.50381.3401-0.07411.34590.05270.05330.0832-0.1663-0.01060.0349-0.0106-0.1149-0.04210.09780.010.00650.0925-0.01690.0904-11.03814.6579.8319
33.1315-0.0274-0.62622.6076-0.47112.70890.08520.21440.1119-0.179-0.0978-0.3485-0.01750.3450.01260.0738-0.00140.02050.168-0.0140.247813.61454.848215.1169
43.3257-0.10110.20742.4816-0.0721.3711-0.0085-0.14980.33250.160.03380.1413-0.2998-0.0349-0.02530.14480.05830.0080.0882-0.01990.1851-13.658216.319414.7415
51.5212-0.3864-0.66511.4733-0.61512.90480.02330.02710.02290.10070.03170.142-0.0492-0.1528-0.0550.1176-0.00860.00070.0939-0.00980.159413.835636.413740.8444
61.2565-0.3486-0.43591.3806-0.02441.48230.0733-0.0655-0.08730.2053-0.01070.02970.0697-0.0621-0.06260.1202-0.0109-0.0010.0947-0.00610.082318.60530.730946.0363
72.98840.08880.50182.2654-0.03622.36370.0848-0.2711-0.14380.2248-0.135-0.29890.06560.3510.05020.08610.0221-0.01010.21850.01080.250143.257630.436440.5855
83.36880.1175-0.31832.4943-0.3961.6924-0.00930.0921-0.3359-0.11630.00740.10660.359-0.08080.0020.1826-0.0744-0.01270.0896-0.02370.182815.9419.216440.8291
91.77060.22930.58281.61610.0591.9284-0.04790.0744-0.0808-0.0850.046-0.27840.00530.28870.00190.1879-0.06940.00140.1953-0.01730.1415-14.8768-23.556244.1826
101.76140.03560.47431.62060.03811.64140.0254-0.05340.00520.13630.0061-0.088-0.07970.208-0.03150.1725-0.0876-0.01010.14050.01950.068-19.5189-20.08351.1694
113.67470.5368-0.60073.27590.29793.4584-0.0939-0.27350.09020.1757-0.06680.322-0.1043-0.2210.16070.16750.015-0.00950.1545-0.01330.2441-44.2907-17.917646.3949
122.37010.44920.28422.32160.2681.26070.0519-0.08990.2190.0649-0.0792-0.0622-0.38270.14470.02730.2592-0.1212-0.01790.1569-0.02280.12-16.9498-7.343349.9869
131.7602-0.2316-0.83311.5751-0.24752.3449-0.0513-0.11880.10580.02420.0477-0.25240.07720.32730.00360.18330.05430.00290.1685-0.03310.15219.6207-22.126811.5224
141.9419-0.1299-0.35211.3849-0.01811.5968-0.02130.0424-0.0423-0.12910.0105-0.07870.11860.18730.01080.17610.05480.02370.09840.00250.071114.9725-25.59184.3266
153.8334-0.56350.37863.29220.09492.6634-0.07050.242-0.1887-0.15420.0120.28730.1529-0.21910.05860.1606-0.02020.01180.1506-0.01930.2467-9.8055-27.73659.3305
163.8941-0.3118-0.71122.04920.29841.038-0.04430.0346-0.3632-0.03540.0173-0.06980.40150.12520.02690.24790.08590.03280.1188-0.00960.130217.5262-38.3365.7023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A88 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3A190 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4A285 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6B88 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7B190 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8B285 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9C15 - 87
10X-RAY DIFFRACTION10C88 - 189
11X-RAY DIFFRACTION11C190 - 284
12X-RAY DIFFRACTION12C285 - 383
13X-RAY DIFFRACTION13D15 - 87
14X-RAY DIFFRACTION14D88 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15D190 - 284
16X-RAY DIFFRACTION16D285 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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