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- PDB-4a7c: Crystal structure of PIM1 kinase with ETP46546 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a7c
タイトルCrystal structure of PIM1 kinase with ETP46546
要素PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation ...positive regulation of cardioblast proliferation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / cellular detoxification / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of brown fat cell differentiation / Signaling by FLT3 fusion proteins / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of innate immune response / regulation of mitotic cell cycle / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / protein autophosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-E46 / IMIDAZOLE / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mazzorana, M. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Hit to Lead Evaluation of 1,2,3-Triazolo[4,5-B]Pyridines as Pim Kinase Inhibitors.
著者: Pastor, J. / Oyarzabal, J. / Saluste, G. / Alvarez, R.M. / Rivero, V. / Ramos, F. / Cendon, E. / Blanco-Aparicio, C. / Ajenjo, N. / Cebria, A. / Albarran, M.I. / Cebrian, D. / Corrionero, A. ...著者: Pastor, J. / Oyarzabal, J. / Saluste, G. / Alvarez, R.M. / Rivero, V. / Ramos, F. / Cendon, E. / Blanco-Aparicio, C. / Ajenjo, N. / Cebria, A. / Albarran, M.I. / Cebrian, D. / Corrionero, A. / Fominaya, J. / Montoya, G. / Mazzorana, M.
履歴
登録2011年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22015年1月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9664
ポリマ－35,4451
非ポリマー5213
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.355, 99.355, 81.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PIM-1 / PIM1


分子量: 35445.070 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 434-717 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYLATED AT SER 261 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: P11309, EC: 2.7.1.37, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-E46 / N-(piperidin-4-ylmethyl)-3-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine


分子量: 392.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19F3N6O
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GENE ACCORDING TO ORIGENE ACCESSION NUMBER NM_002648 UNIPROT ISOFORM 2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE PH 7.0, 1 M NA ACETATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.68 Å / Num. obs: 20344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YXT

1yxt


解像度: 2.3→49.678 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED N-TERMINUS AND PART OF GLU 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 1015 5.1 %
Rwork0.1689 --
obs0.1709 19934 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.444 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.027 Å20 Å20 Å2
2--1.027 Å20 Å2
3----2.0541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 37 190 2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1343166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.668849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.42130.25461450.19722620X-RAY DIFFRACTION95
2.4213-2.5730.22041420.18752654X-RAY DIFFRACTION97
2.573-2.77160.24811520.18782656X-RAY DIFFRACTION97
2.7716-3.05050.23331520.17872696X-RAY DIFFRACTION99
3.0505-3.49180.1981440.16682720X-RAY DIFFRACTION99
3.4918-4.39890.17231350.14582777X-RAY DIFFRACTION100
4.3989-49.68910.18831450.15542796X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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