PDB-4a5a: Crystal structure of the C258S/C268S variant of Toxoplasma gondii...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4a5a

タイトル

Crystal structure of the C258S/C268S variant of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 3 (NTPDase3) in complex with magnesium and AMPPNP

要素

NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / protein N-linked glycosylation / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Krug, U. / Zebisch, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight Into the Activation Mechanism of Toxoplasma Gondii Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases by Disulfide Reduction.
著者: Krug, U. / Zebisch, M. / Krauss, M. / Straeter, N.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Other
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Other
改定 1.3	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4a5a.ent.gz	749.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a5a_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a5a_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4a5a_validation.xml.gz	82.9 KB	表示
CIF形式データ	4a5a_validation.cif.gz	109.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a57SC 4a59C 4a5bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kh6-1 4kh4-1 4kh5-1 4f92-d 1ekm-d 4hny-d 5urm-1 4f93-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

C: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

D: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

273 kDa, 4 ポリマー
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1

A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
273 kDa, 4 ポリマー
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2

C: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

D: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

C: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

D: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
273 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.953, 150.668, 486.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	30 - 701
2	1	1	1	B	30 - 701
3	1	1	1	C	30 - 701
4	1	1	1	D	30 - 701

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999816, -0.018739, 0.004117), (0.018674, -0.901226, 0.432946), (-0.004403, 0.432944, 0.90141)	115.22475, -1.49417, 0.16821
3	given	(0.900631, 0.019345, 0.434153), (0.116352, -0.973272, -0.198), (0.418719, 0.228839, -0.87881)	77.32625, 13.33689, -131.73936
4	given	(-0.89797, -0.020783, -0.439565), (0.082877, 0.973022, -0.215311), (0.432181, -0.229772, -0.872023)	37.39164, -70.59174, -111.82097

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1 / NTPASE-I / NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE HYDROLASE 1 / NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE I / NTPDASE3 分子量: 67625.789 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q27893, apyrase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 268 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 268 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 268 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 268 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 258 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 268 TO SER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 100 MM KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS PH 8.5, 30% PEG 400, 2 MM AMPPNP AND 10 MM MAGNESIUM ACETATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→39 Å / Num. obs: 61587 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0116	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A57

4a57

解像度: 2.85→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.878 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.82 / SU B: 42.838 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28411	3124	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23369	-	-	-
obs	0.23627	58171	97.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18292	0	128	0	18420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	18803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.972	25494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.587	5	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.777	24.184	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.759	15	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.279	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	14170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4539 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.06	0.05
2	B	tight positional	0.07	0.05
3	C	tight positional	0.08	0.05
4	D	tight positional	0.07	0.05
1	A	tight thermal	7.88	0.5
2	B	tight thermal	8.63	0.5
3	C	tight thermal	10.24	0.5
4	D	tight thermal	5.38	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.848→2.922 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	162	-
R_work	0.334	3780	-
obs	-	-	92.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.1526	-8.6895	-13.1038	7.6943	11.4478	17.0667	-0.8329	-0.9128	-0.3943	0.1052	0.0211	0.6245	0.241	0.0929	0.8117	0.5827	0.1356	-0.0265	0.5848	-0.0272	0.3806	38.8363	26.263	18.3872
2	1.1629	0.042	-0.1008	0.8269	0.0871	0.7397	0.0772	-0.0349	0.1061	0.044	-0.0106	-0.0026	-0.1423	-0.0698	-0.0666	0.2501	0.0816	0.0171	0.1114	-0.0183	0.0194	52.9073	16.0866	-23.213
3	6.0529	-16.0747	-2.9179	42.804	8.255	3.8826	-0.2361	-0.1653	-0.6726	0.8534	0.2652	1.7415	0.6725	-0.9604	-0.029	0.423	-0.0911	0.0506	0.5919	0.0952	0.3522	36.8125	-9.2162	-7.2653
4	1.3824	-0.1015	0.1849	0.9751	-0.2557	1.4757	0.0843	0.1726	0.0044	-0.0866	0.0247	0.1282	-0.1745	-0.4439	-0.109	0.222	0.1024	0.003	0.2866	-0.0126	0.0388	37.6646	3.038	-42.8611
5	12.2067	3.9325	18.3478	6.2166	-2.818	43.0164	-0.5521	0.1107	0.2506	-1.1748	-0.1302	-0.0947	1.03	0.5521	0.6822	0.531	0.2099	0.0391	0.2089	-0.0275	0.0332	74.143	-14.4723	24.0942
6	1.0982	0.2642	0.6513	0.5364	0.6966	1.6239	0.0522	-0.0716	-0.1399	0.1553	-0.0022	-0.0473	0.106	-0.1332	-0.05	0.276	0.0323	-0.0139	0.0586	-0.0075	0.024	62.7256	-24.8086	-13.7103
7	11.0903	-16.0483	6.6211	32.3099	-10.8811	9.1662	-0.2049	-0.184	0.3984	-0.9786	0.243	-0.9239	-0.9992	0.5044	-0.0382	0.42	-0.1303	0.0787	0.5157	-0.0375	0.1149	78.3007	5.1878	-10.3897
8	0.708	-0.2845	-0.1106	1.355	0.5254	1.2068	0.0235	0.1279	0.0531	-0.0299	0.0868	-0.1493	0.0398	0.1523	-0.1102	0.1538	0.0256	0.0006	0.0944	-0.0238	0.0241	77.8275	-21.2533	-37.1542
9	1.8537	0.2362	6.0464	4.9425	10.3566	38.493	-0.1233	-0.0146	0.0583	0.0155	-0.7302	0.2863	-0.318	-1.6414	0.8534	0.0753	-0.1612	0.0857	0.5821	-0.0857	0.4618	28.7708	21.4304	-153.7731
10	0.8267	-0.1804	-0.1566	0.5297	0.1208	2.3781	-0.0227	-0.0202	-0.077	-0.0779	-0.0073	-0.0284	0.2089	0.096	0.0299	0.0539	-0.0046	0.0582	0.0489	0.0003	0.1675	23.7392	21.6766	-106.4928
11	6.3949	10.8018	5.2337	35.595	18.2489	9.6939	0.0029	0.4152	0.1415	-0.9981	-0.5211	1.9999	-0.8941	-0.4378	0.5182	0.4736	0.2202	0.4112	0.3287	0.1157	0.8878	13.0346	49.6579	-122.5264
12	0.6161	0.5639	-0.2295	1.4986	-0.456	1.1551	0.0335	-0.0251	0.1833	0.1349	0.0621	0.2761	0.0067	-0.0816	-0.0957	0.0448	0.0035	0.0817	0.0642	-0.0134	0.1906	0.5937	29.6923	-93.2393
13	16.9007	0.0049	-5.8066	1.0782	-0.8994	2.7557	0.2984	-0.9702	-0.0577	-0.0898	-0.4415	-0.0399	-0.005	0.8024	0.1431	0.3095	-0.1707	0.1119	0.6811	-0.027	0.2727	64.128	63.449	-134.894
14	1.1652	-0.1575	-0.5542	0.3982	-0.054	1.2909	0.0646	0.086	0.0882	-0.0052	-0.0455	-0.0443	-0.1169	-0.0704	-0.0191	0.0438	-0.0047	0.067	0.016	-0.0157	0.1322	31.5338	63.661	-102.7255
15	10.4011	6.9733	-3.99	4.7095	-2.6973	1.5454	-0.1045	-0.2633	-0.9283	0.0813	-0.1466	-0.5294	-0.0576	0.0636	0.2511	0.5539	0.17	0.272	0.331	0.134	0.5777	50.7434	35.714	-104.1347
16	0.5657	-0.3534	-0.3338	0.9744	0.2606	2.2549	0.0633	-0.1605	0.0315	0.1774	-0.0036	-0.1004	-0.0713	0.1716	-0.0597	0.0978	-0.0584	0.0296	0.0662	-0.0142	0.0963	35.6661	55.7963	-76.1163
17	2.3083	0.843	-2.3843	7.5658	3.0419	4.5926	0.0195	0.12	-0.0387	-0.5264	-0.2699	0.2971	-0.1903	-0.283	0.2504	0.4266	0.0903	0.0584	0.2096	0.0112	0.0319	60.7036	-0.2465	-50.54
18	2.1379	1.3715	0.0166	7.3	2.7364	5.3464	-0.0483	0.1914	0.0415	-0.0824	-0.0734	0.2578	0.0271	-0.005	0.1217	0.1255	0.0767	0.0002	0.1075	-0.0118	0.0127	54.7646	-22.0692	-45.385
19	5.8438	0.3695	-2.3047	8.7927	-2.44	4.1697	-0.0478	-0.0902	-0.0271	0.8473	-0.0874	0.0141	-0.3567	-0.171	0.1351	0.1405	-0.0537	0.0593	0.1185	-0.083	0.0947	17.4272	31.499	-75.8227
20	0.9077	-1.6743	2.2386	7.9573	-1.0529	7.4644	-0.023	-0.1295	0.0111	0.5458	-0.037	0	0.1837	-0.5079	0.06	0.1052	-0.0528	0.1036	0.2149	-0.0256	0.1837	11.3598	53.8791	-78.7767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	586 - 629
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	257 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	269 - 394
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	425 - 585
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	28 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	59 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	586 - 629
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	257 - 268
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	269 - 394
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	425 - 585
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	28 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	10	C	59 - 256
15	X-RAY DIFFRACTION	10	C	586 - 629
16	X-RAY DIFFRACTION	11	C	257 - 268
17	X-RAY DIFFRACTION	12	C	269 - 394
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	425 - 585
19	X-RAY DIFFRACTION	13	D	28 - 58
20	X-RAY DIFFRACTION	14	D	59 - 256
21	X-RAY DIFFRACTION	14	D	586 - 629
22	X-RAY DIFFRACTION	15	D	257 - 268
23	X-RAY DIFFRACTION	16	D	269 - 394
24	X-RAY DIFFRACTION	16	D	425 - 585
25	X-RAY DIFFRACTION	17	A	395 - 424
26	X-RAY DIFFRACTION	18	B	395 - 424
27	X-RAY DIFFRACTION	19	C	395 - 424
28	X-RAY DIFFRACTION	20	D	395 - 424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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