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万見
- PDB-4a55: Crystal structure of p110alpha in complex with iSH2 of p85alpha a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a55
タイトルCrystal structure of p110alpha in complex with iSH2 of p85alpha and the inhibitor PIK-108
要素
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA
  • PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM
キーワードTRANSFERASE / ONCOGENE / LIPID KINASE / MEMBRANE BINDING / CANCER MUTATIONS / TUMOURS / GROWTH FACTOR SIGNALLING / PI3-KINASE INHIBITOR / NON-ATP COMPETITIVE LIGAND BINDING SITE / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP / ENZYME REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


PI3K events in ERBB4 signaling / IRS-mediated signalling / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / Signaling by LTK / PI3K events in ERBB2 signaling ...PI3K events in ERBB4 signaling / IRS-mediated signalling / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / Signaling by LTK / PI3K events in ERBB2 signaling / Tie2 Signaling / PI3K/AKT activation / FLT3 Signaling / GAB1 signalosome / PI3K Cascade / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC2 GTPase cycle / Downstream signal transduction / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Role of phospholipids in phagocytosis / Co-stimulation by ICOS / RAC1 GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / RAF/MAP kinase cascade / TORC2 signaling / PIP3 activates AKT signaling / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / Downstream TCR signaling / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / phosphatidylinositol kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of focal adhesion disassembly / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / interleukin-18-mediated signaling pathway / myeloid leukocyte migration / T follicular helper cell differentiation / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / regulation of cellular respiration / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / cardiac muscle cell contraction / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / kinase activator activity / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / positive regulation of leukocyte migration / Signaling by LTK / DAP12 signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / negative regulation of stress fiber assembly / RND1 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / positive regulation of filopodium assembly / RND2 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / RND3 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / insulin binding / growth hormone receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / RHOV GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 ...Ubiquitin-like (UB roll) - #770 / Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PIK-108 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hon, W.-C. / Berndt, A. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2012
タイトル: Regulation of Lipid Binding Underlies the Activation Mechanism of Class Ia Pi3-Kinases.
著者: Hon, W.-C. / Berndt, A. / Williams, R.L.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM
B: PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4134
ポリマ－161,6852
非ポリマー7292
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area52930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.092, 147.184, 226.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM / PI3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PI3K-ALPHA / PI3KALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT ALPHA / ...PI3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PI3K-ALPHA / PI3KALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PHOSPHATIDYLINOSITOL-4\ / 5-BISPHOSPHATE 3-KINASE 110 KDA CATALYTIC SUBUNIT ALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110-ALPHA / P110ALPHA / PHOSPHOINOSITIDE-3-KINASE CATALYTIC ALPHA POLYPEPTIDE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE PIK3CA


分子量: 128017.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P42337, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PI3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PI3K REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY ...PI3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PI3K REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 85 KDA REGULATORY SUBUNIT ALPHA / PI3-KINASE SUBUNIT P85-ALPHA / PTDINS-3-KINASE REGULATORY SUBUNIT P85-ALPHA


分子量: 33666.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: NISH2, RESIDUES 322-600 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-P08 / PIK-108 / PIK-108


分子量: 364.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O3
配列の詳細N-TERMINAL TAG WITH HIS6 AND TEV CLEAVAGE SITE ENGINEERED TRUNCATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 0.1 M NAK PHOSPHATE PH 6.4, 0.14 M NH4H2SO4, 0.1 M NA FORMATE, 0.42 M NA2SO4, 15% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID23-210.8726
シンクロトロンDiamond I0321
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年7月11日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1PT-COATED SI MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2PT-COATED SI MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87261
211
反射解像度: 3.5→68.3 Å / Num. obs: 29059 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.7 Å / 冗長度: 19.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0002精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RD0

2rd0


解像度: 3.5→123.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 65.193 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.477 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22777 1484 5.1 %RANDOM
Rwork0.18292 ---
obs0.18528 27571 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 122.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.11 Å20 Å20 Å2
2--7.58 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→123.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9454 0 54 0 9508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0199719
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9713119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9793.00316566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07551135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21524.236484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.247151828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4861568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 91 -
Rwork0.341 1907 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0996-0.5881-0.2963.3250.16511.3755-0.06140.0490.1229-0.77760.22110.40390.2118-0.3235-0.15970.5451-0.1409-0.05560.4398-0.13090.6463-30.126-66.890320.7808
21.3342-0.0102-0.151.5726-0.06932.23680.0325-0.130.1515-0.28850.01550.0637-0.2426-0.1525-0.0480.0945-0.03830.0530.2433-0.25660.2947-19.0995-35.015634.2128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1B448 - 597
3X-RAY DIFFRACTION2A101 - 1061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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