+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4a3r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Enolase from Bacillus subtilis. | ||||||
![]() | ENOLASE | ||||||
![]() | LYASE / GLYCOLYSIS / DEGRADOSOME | ||||||
Function / homology | ![]() phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dissection of the Network of Interactions that Links RNA Processing with Glycolysis in the Bacillus Subtilis Degradosome. Authors: Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 339.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 276.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 478.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 518.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 70.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 98.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4a3sC ![]() 1iyxS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9466, 0.3225, -0.007375), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 46626.148 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CIT / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Details: 1.0 M TRI-SODIUM CITRATE 0.1 M, NA CACODYLATE PH 6.5 . |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: May 30, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9804 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. obs: 96029 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 90.8 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1IYX Resolution: 2.2→19.83 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / Phase error: 21.85 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.163 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.83 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|