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- PDB-4a3n: Crystal Structure of HMG-BOX of Human SOX17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a3n
タイトルCrystal Structure of HMG-BOX of Human SOX17
要素TRANSCRIPTION FACTOR SOX-17
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis ...cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis / heart formation / cardiac cell fate determination / rostrocaudal neural tube patterning / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / cell migration involved in gastrulation / endoderm formation / Specification of primordial germ cells / endocardial cell differentiation / positive regulation of endodermal cell differentiation / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / Formation of definitive endoderm / signal transduction involved in regulation of gene expression / metanephros development / embryonic heart tube development / embryonic heart tube morphogenesis / heart looping / outflow tract morphogenesis / regulation of embryonic development / anatomical structure morphogenesis / 脈管形成 / cellular response to leukemia inhibitory factor / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein destabilization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / beta-catenin binding / Wntシグナル経路 / positive regulation of protein catabolic process / heart development / 遺伝子発現 / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 血管新生 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain ...Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SOX-17
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gao, N. / Gao, H. / Qian, H. / Si, S. / Xie, Y.
引用
ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of Human Transcription Factor Sry-Related Box 17 Binding to DNA.
著者: Gao, N. / Jiang, W. / Gao, H. / Cheng, Z. / Qian, H. / Si, S. / Xie, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Sox17 Bound to DNA Reveals a Conserved Bending Topology But Selective Protein Interaction Platforms.
著者: Palasingam, P. / Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2011年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Data collection / Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR SOX-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6424
ポリマ－8,4461
非ポリマー1963
水1,29772
1
A: TRANSCRIPTION FACTOR SOX-17
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION FACTOR SOX-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2848
ポリマ－16,8922
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-180.6 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.281, 22.525, 66.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR SOX-17


分子量: 8445.764 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG-BOX, RESIDUES 68-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H6I2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4389 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 23.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F27

3f27


解像度: 2.4→23.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1313405.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 453 10.5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 4319 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.9136 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.34 Å20 Å2-12.99 Å2
2---13.86 Å20 Å2
3----2.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数534 0 3 72 609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 64 8.9 %
Rwork0.255 653 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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