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- PDB-4a29: Structure of the engineered retro-aldolase RA95.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a29
タイトルStructure of the engineered retro-aldolase RA95.0
要素ENGINEERED RETRO-ALDOL ENZYME RA95.0
キーワードDE NOVO PROTEIN / ENGINEERED ENZYME / RETRO-ALDOLASE / DIRECTED EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE / D-MALATE / Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Giger, L. / Caner, S. / Kast, P. / Baker, D. / Ban, N. / Hilvert, D.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Evolution of a designed retro-aldolase leads to complete active site remodeling.
著者: Giger, L. / Caner, S. / Obexer, R. / Kast, P. / Baker, D. / Ban, N. / Hilvert, D.
履歴
登録2011年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年7月31日Group: Database references
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENGINEERED RETRO-ALDOL ENZYME RA95.0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0873
ポリマ－29,7101
非ポリマー3762
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.940, 62.590, 79.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENGINEERED RETRO-ALDOL ENZYME RA95.0


分子量: 29710.219 Da / 分子数: 1 / 断片: TIM-BARREL FOLD, RESIDUES 1-258 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ARTIFICIAL GENE. THE SEQUENCE WAS COMPUTATIONALLY DESIGNED BASED ON INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE NATURALLY FOUND IN SULFOLOBUS SOLFATARICUS.
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: Q06121*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-3NK / 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE / 1-(6-メトキシ-2-ナフチル)-1,3-ブタンジオン


分子量: 242.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O3
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M DL-MALIC ACID PH 7.0, 20% W/V PEG 3350, 28 DEGREES CELSIUS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 101040 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 34.14
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.21 / % possible all: 57.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBL

1lbl


解像度: 1.1→7.98 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 11.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.137 2030 2 %
Rwork0.12 --
obs0.12 100713 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 96.57 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9032 Å20 Å20 Å2
2---1.8522 Å20 Å2
3---0.949 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→7.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1991 0 26 369 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2973288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d00
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.12740.1877750.15814340X-RAY DIFFRACTION57
1.1274-1.15780.15451300.13775226X-RAY DIFFRACTION69
1.1578-1.19180.15421280.12326404X-RAY DIFFRACTION84
1.1918-1.23010.13991500.12277261X-RAY DIFFRACTION95
1.2301-1.27390.13671470.11617369X-RAY DIFFRACTION97
1.2739-1.32470.13791530.1097389X-RAY DIFFRACTION97
1.3247-1.38470.12451480.09937471X-RAY DIFFRACTION97
1.3847-1.45730.11871550.09687428X-RAY DIFFRACTION97
1.4573-1.5480.11841550.09257468X-RAY DIFFRACTION98
1.548-1.66650.13161550.09127519X-RAY DIFFRACTION98
1.6665-1.83240.1221560.09747587X-RAY DIFFRACTION99
1.8324-2.09330.12821550.10487615X-RAY DIFFRACTION98
2.0933-2.62170.14831610.11547717X-RAY DIFFRACTION99
2.6217-7.98120.1411620.14627889X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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