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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a1x | ||||||
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タイトル | Co-Complex structure of NS3-4A protease with the inhibitory peptide CP5-46-A (Synchrotron data) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX / UNMODIFIED INHIBITORY PEPTIDES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein-DNA complex / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HEPATITIS C VIRUS SUBTYPE 1B (C型肝炎ウイルス) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schmelz, S. / Kuegler, J. / Collins, J. / Heinz, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: High Affinity Peptide Inhibitors of the Hepatitis C Virus Ns3-4A Protease Refractory to Common Resistant Mutants. 著者: Kugler, J. / Schmelz, S. / Gentzsch, J. / Haid, S. / Pollmann, E. / Van Den Heuvel, J. / Franke, R. / Pietschmann, T. / Heinz, D.W. / Collins, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a1x.cif.gz | 98.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a1x.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4a1x_validation.pdf.gz | 456.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4a1x_full_validation.pdf.gz | 462.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4a1x_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4a1x_validation.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21385.422 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1678-1690,1028-1206 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FUSION PROTEIN OF 4A (1678-1690) WITH NS3 (1028-1206) 由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS SUBTYPE 1B (C型肝炎ウイルス) 解説: HCV REPLICON I389/NS3-3'UTR (AJ242654) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 参照: UniProt: P26662, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2304.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DERIVED FROM PEPTIDE LIBRARY / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE DISCREPANCIES HAVE BEEN INDICATED BY AUTHOR AS NATURAL VARIANTS, AS THE REPLICON WAS ...SEQUENCE DISCREPANC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M MES PH 6.0 OR 0.1 M NA CITRATE PH 5.1 AND 2.2M KCL, 5% ISOPROPANOL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→80.8 Å / Num. obs: 32044 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DXP 解像度: 1.9→80.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.319 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.089 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→80.82 Å
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拘束条件 |
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