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- PDB-4a1w: Crystal structure of alpha-beta foldamer 4c in complex with Bcl-xL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a1w
タイトルCrystal structure of alpha-beta foldamer 4c in complex with Bcl-xL
要素
  • ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / APOPTOSIS-INHIBITOR COMPLEX / MIMICRY
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / meiosis I / mammary gland development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / tube formation / regulation of organ growth / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / FOXO-mediated transcription of cell death genes / response to cycloheximide / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / NRAGE signals death through JNK / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / thymocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / BH3 domain binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / B cell homeostasis / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / endomembrane system / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FLT3 Signaling / negative regulation of autophagy / response to endoplasmic reticulum stress / cell-matrix adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / post-embryonic development / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / kidney development / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / spermatogenesis / microtubule binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C / Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Boersma, M.D. / Haase, H.S. / Kaufman, K.J. / Horne, W.S. / Lee, E.F. / Clarke, O.B. / Smith, B.J. / Colman, P.M. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Evaluation of Diverse Alpha/Beta-Backbone Patterns for Functional Alpha-Helix Mimicry: Analogues of the Bim Bh3 Domain.
著者: Boersma, M.D. / Haase, H.S. / Peterson-Kaufman, K.J. / Lee, E.F. / Clarke, O.B. / Colman, P.M. / Smith, B.J. / Horne, W.S. / Fairlie, W.D. / Gellman, S.H.
履歴
登録2011年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
P: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
Q: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
R: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
S: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9828
ポリマ－80,9828
非ポリマー00
水4,612256
1
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
P: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
S: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4914
ポリマ－40,4914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-43.2 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
2
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
C: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
Q: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C
R: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4914
ポリマ－40,4914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-41.4 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.213, 106.290, 100.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2001-

HOH

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要素

#1: タンパク質
BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド
ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 2327.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: ALPHA-BETA-FOLDAMER 2C, UniProt: O43521*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AMIDE (NH2): TERMINAL AMIDE 3-AMINO-4-(P-TOLYL)BUTANOIC ACID (BTY): BETA PEPTIDE 3-AMINO-4- ...AMIDE (NH2): TERMINAL AMIDE 3-AMINO-4-(P-TOLYL)BUTANOIC ACID (BTY): BETA PEPTIDE 3-AMINO-4-METHYLHEXANOIC ACID (BIL): BETA PEPTIDE 3-AMINO-4-PHENYLBUTANOIC ACID (BFE): BETA PEPTIDE 3-AMINO-4-(1H-INDOL-3-YL)BUTANOIC ACID (W3B): BETA PEPTIDE 3-AMINOPROPANOIC ACID (BGL): BETA PEPTIDE
配列の詳細DELETION OF AMINO ACID RESIDUES 27-82 AND 210-233.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT WAS PERFORMED USING THE STRUCTURE OF BCL-XL FROM THE PDB ENTRY 3FDL, WITH THE PEPTIDE REMOVED, AS A SEARCH MODEL
結晶化pH: 7.5
詳細: 25% (W/V) PEG 3350, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30333 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.55 % / Biso Wilson estimate: 37.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 5.55 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FDL

3fdl


解像度: 2.497→64.027 Å / SU ML: 0.85 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 1522 5 %
Rwork0.1972 --
obs0.2004 30333 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.098 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.992 Å20 Å20 Å2
2---9.6346 Å20 Å2
3----8.3575 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.497→64.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5207 0 0 256 5463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1557291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1031972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4967-2.57730.35381310.27852453X-RAY DIFFRACTION94
2.5773-2.66940.34471370.25852591X-RAY DIFFRACTION100
2.6694-2.77630.29581380.25372590X-RAY DIFFRACTION100
2.7763-2.90260.33131360.22952583X-RAY DIFFRACTION100
2.9026-3.05570.33531400.20762626X-RAY DIFFRACTION100
3.0557-3.24710.27661360.20232592X-RAY DIFFRACTION100
3.2471-3.49780.29261380.2122631X-RAY DIFFRACTION100
3.4978-3.84980.23691380.18772616X-RAY DIFFRACTION100
3.8498-4.40670.22331400.15512653X-RAY DIFFRACTION100
4.4067-5.55150.23071410.15822681X-RAY DIFFRACTION100
5.5515-64.04790.22561470.20052795X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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