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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 467d | ||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of a decamer forming a four-way junction | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G:A MISMATCHES / FOUR-WAY-JUNCTION | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Ortiz-Lombardia, M. / Coll, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a DNA Holliday junction 著者: Ortiz-Lombardia, M. / Gonzalez, A. / Eritja, R. / Aymami, J. / Azorin, F. / Coll, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3071.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 6.7% MPD, 0.2M MGCL2, 1.0MM DNA DECAMER AGAINST 45% MPD IN DEPOSIT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→19.39 Å / Num. all: 2786 / Num. obs: 2786 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 75.5 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→19.39 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): -3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |