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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 465d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE TOPOISOMERASE II POISON BOUND TO DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / TOPOISOMERASE II POISON / HEXANUCLEOTIDE / D(CGTACG)2 / 9-AMINO-DACA | 機能・相同性 | Chem-9AD / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Adams, A. / Guss, J.M. / Collyer, C.A. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of the topoisomerase II poison 9-amino-[N-(2-dimethylamino)ethyl]acridine-4-carboxamide bound to the DNA hexanucleotide d(CGTACG)2. 著者: Adams, A. / Guss, J.M. / Collyer, C.A. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 15.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 8.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.5 MM DNA, 20 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.5, 4 MM MAGNESIUM ACETATE, 1 MM COBALT(II) CHLORIDE, 0.33 MM SPERMINE.4HCL, 1 MM 9-AMINO-[N-(2- DIMETHYLAMINO)ETHYL]ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE AND ...詳細: 0.5 MM DNA, 20 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.5, 4 MM MAGNESIUM ACETATE, 1 MM COBALT(II) CHLORIDE, 0.33 MM SPERMINE.4HCL, 1 MM 9-AMINO-[N-(2- DIMETHYLAMINO)ETHYL]ACRIDINE-4-CARBOXAMIDE AND 9% MPD EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF A SOLUTION OF 45% MPD IN WATER, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 285 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月12日 / 詳細: FOCUSING MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 2763 / Num. obs: 2763 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.7 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 56.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 67055 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: DDF073 解像度: 1.6→16 Å / Num. parameters: 791 / Num. restraintsaints: 999 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER,J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 182.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→16 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.3 % / Rfactor obs: 0.193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.023 |