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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 456d | ||||||||||||||||||
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タイトル | MOLECULAR AND CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGCGMO6AATCCGCG): THE WATSON-CRICK TYPE N6-METHOXYADENOSINE/CYTIDINE BASE-PAIRS IN B-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / MODIFIED NUCLEOTIDE / MISMATCH / METHOXYADENOSINE / DNA DAMAGE / B-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Chatake, T. / Ono, A. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. | ![]() ![]() タイトル: Crystallographic studies on damaged DNAs. I. An N(6)-methoxyadenine residue forms a Watson-Crick pair with a cytosine residue in a B-DNA duplex. 著者: Chatake, T. / Ono, A. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary analysis of a DNA dodecamer of d(CGCGmo6AATCCGCG) containing 2'-deoxy-N6-methoxyadenosine: change in crystal packing with different humidity 著者: Chatake, T. / Sunami, T. / Ono, A. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3678.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 8017 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / % possible all: 72.1 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 8017 / Num. measured all: 32780 / Rmerge(I) obs: 0.06 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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