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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 443d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'/ BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / MINOR GROOVE BINDING | 機能・相同性 | Chem-IA / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Squire, C.J. / Baker, L.J. / Clark, G.R. / Martin, R.F. / White, J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Structures of m-iodo Hoechst-DNA complexes in crystals with reduced solvent content: implications for minor groove binder drug design. 著者: Squire, C.J. / Baker, L.J. / Clark, G.R. / Martin, R.F. / White, J. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Intermolecular interactions and water structure in a condensed phase B-DNA crystal 著者: Clark, G.R. / Squire, C.J. / Baker, L.J. / Martin, R.F. / White, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 443d.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb443d.ent.gz | 16.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 443d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 443d_validation.pdf.gz | 599.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 443d_full_validation.pdf.gz | 624.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 443d_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 443d_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/43/443d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/43/443d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-IA / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 0.7107 |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月28日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7107 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. all: 7321 / Num. obs: 7321 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.02 % / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 0.459 |
反射 | *PLUS Num. obs: 8269 / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.187 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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