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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 429d | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A LEADZYME; METAL BINDING AND IMPLICATIONS FOR CATALYSIS | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / LEADZYME / LEAD-DEPENDENT CLEAVAGE / TRNA INTERNAL LOOP / BULGED NUCLEOTIDES | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING USING 5 HEAVY ATOM DERIVATIVES (INCLUDING PB(II)) / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wedekind, J.E. / McKay, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of a lead-dependent ribozyme revealing metal binding sites relevant to catalysis. 著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 429d.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb429d.ent.gz | 24.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 429d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/29/429d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/29/429d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4194.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: RIBOZYME STRAND OF LEADZYME LZ4 #2: RNA鎖 | 分子量: 3538.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: SUBSTRATE STRAND OF LEADZYME LZ4 #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月7日 |
放射 | モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111) ASYMMETRIC CUT, HORIZONTAL FOCUS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 4416 / Num. obs: 4416 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 55.4 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD PHASING USING 5 HEAVY ATOM DERIVATIVES (INCLUDING PB(II)) 解像度: 2.7→25 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: DNA-RNA-ALLATOM.PARAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.254 / Rfactor Rfree: 0.274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.39 |