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万見
- PDB-429d: CRYSTAL STRUCTURE OF A LEADZYME; METAL BINDING AND IMPLICATIONS F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 429d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A LEADZYME; METAL BINDING AND IMPLICATIONS FOR CATALYSIS
要素
  • RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
キーワードRNA / LEADZYME / LEAD-DEPENDENT CLEAVAGE / TRNA INTERNAL LOOP / BULGED NUCLEOTIDES
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING USING 5 HEAVY ATOM DERIVATIVES (INCLUDING PB(II)) / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a lead-dependent ribozyme revealing metal binding sites relevant to catalysis.
著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
履歴
登録1998年9月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5146
ポリマ－15,4664
非ポリマー492
水00
1
A: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7814
ポリマ－7,7332
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7332
ポリマ－7,7332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.400, 60.400, 133.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4194.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: RIBOZYME STRAND OF LEADZYME LZ4
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3')


分子量: 3538.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: SUBSTRATE STRAND OF LEADZYME LZ4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MAGNESIUM ACETATE11
2SODIUM CACODYLATE11
3SPERMINE11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.8 mMRNA1drop
210 mMNa cacodylate1drop
320-25 %MPD1reservoir
41 mMspermine-HCl1reservoir
520 mM1reservoirMg(OAc)2
650 mMNa cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月7日
放射モノクロメーター: CYCLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111) ASYMMETRIC CUT, HORIZONTAL FOCUS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 4416 / Num. obs: 4416 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 55.4
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD PHASING USING 5 HEAVY ATOM DERIVATIVES (INCLUDING PB(II))
解像度: 2.7→25 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2746 417 9.6 %RANDOM SELECTION
Rwork0.255 ---
obs0.255 4169 95.7 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.5 Å
Luzzati d res low25 Å25 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1024 2 0 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.419
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.913
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 28 6.7 %
Rwork0.39 316 -
obs--80 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA-ALLATOM.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.254 / Rfactor Rfree: 0.274
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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