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万見
- PDB-424d: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 424d
タイトル5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3'
要素DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Hegde, R.S. / Shakked, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structural code for DNA recognition revealed in crystal structures of papillomavirus E2-DNA targets.
著者: Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Frolow, F. / Hegde, R.S. / Shakked, Z.
履歴
登録1998年9月14日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9806
ポリマ－21,9806
非ポリマー00
水32418
1
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.539, 40.107, 40.469
Angle α, β, γ (deg.)82.62, 116.20, 80.68
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.583 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2SPERMINE11
3SODIUM CACODYLATE11
4MPD11
5SODIUM CACODYLATE12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mg/mlDNA1drop
210 mM1dropMgCl2
31
42 mMspermine tetrachloride1drop
520 mMsodium cacodylate1drop
65 %(v/v)1drop
717 %(w/v)MPD1reservoir
8100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年3月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→19 Å / Num. all: 5415 / Num. obs: 5415 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.05 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.03 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / % possible all: 75.5
反射
*PLUS
Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 5668
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 75.5 % / Num. unique obs: 4608 / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ULTIMAモデル構築
X-PLOR3.1精密化
TEXSANデータスケーリング
ULTIMA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IDEAL B-DNA

解像度: 2.7→19 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 500 9.2 %RANDOM SELECTION
Rwork0.211 ---
all0.216 5415 --
obs0.211 5415 89.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1458 0 18 1476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d16.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 5415 / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.216 / 最低解像度: 19 Å / % reflection Rfree: 9.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg16.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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