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- PDB-410d: DUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-ETHOXYMETHYLEN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 410d
タイトルDUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-ETHOXYMETHYLENE RIBONUCLEOSIDE
要素DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(T38)P*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA / DUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-ETHOXYMETHYLENE RIBONUCLEOSIDE
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tereshko, V. / Portmann, S. / Tay, E.C. / Martin, P. / Natt, F. / Altmann, K.H. / Egli, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Correlating structure and stability of DNA duplexes with incorporated 2'-O-modified RNA analogues.
著者: Tereshko, V. / Portmann, S. / Tay, E.C. / Martin, P. / Natt, F. / Altmann, K.H. / Egli, M.
履歴
登録1998年6月30日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(T38)P*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(T38)P*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4413
ポリマ－6,2382
非ポリマー2021
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.620, 44.080, 46.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(T38)P*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3119.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2NACL11
3BACL211
4SPERMINE11
5MPD11
6MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.2 mMoligonucleotide1drop
220 mMsodium cacodylate1drop
340 mMsodium chloride1drop
46 mMspermine tetrahydrochloride1drop
510 mMbarium chloride1drop
65 %1drop
735 %MPD1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来タイプID
回転陽極RIGAKU RU2001
2
3
4
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS II1IMAGE PLATE1997年7月14日
2
3
4
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
3Mx-ray3
4Mx-ray4
放射波長
ID相対比
11
21
31
41
反射解像度: 1.6→32 Å / Num. all: 6524 / Num. obs: 6524 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 641 10 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.162 6431 --
obs0.159 6414 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 24 140 568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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