PDB-412d: DUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-METHYL-[TRI(OX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 412d

タイトル

DUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-METHYL-[TRI(OXYETHYL)] RIBONUCLEOSIDE

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(126)P*AP*CP*GP*C)-3')

キーワード

DNA / DUPLEX [5'-D(GCGTA+TACGC)]2 WITH INCORPORATED 2'-O-METHYL-[TRI(OXYETHYL)] RIBONUCLEOSIDE

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tereshko, V. / Portmann, S. / Tay, E.C. / Martin, P. / Natt, F. / Altmann, K.H. / Egli, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Correlating structure and stability of DNA duplexes with incorporated 2'-O-modified RNA analogues.
著者: Tereshko, V. / Portmann, S. / Tay, E.C. / Martin, P. / Natt, F. / Altmann, K.H. / Egli, M.

履歴

登録	1998年6月30日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	412d.cif.gz	23.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb412d.ent.gz	15 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	412d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	412d_validation.pdf.gz	327.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	412d_full_validation.pdf.gz	327.2 KB	表示
XML形式データ	412d_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	412d_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/12/412d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/12/412d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	410dC 411dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nzg-d 1d9h-d 1ybc-d 3oz3-d 1i0p-d 1y7f-d 1i0q-d 1y86-d 1i0n-d 1i0k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(126)P*AP*CP*GP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(126)P*AP*CP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

6.46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.640, 43.620, 45.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPTPAP(126)PAPCPGPC)-3') 分子量: 3207.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.42 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: pH 6.30, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	SODIUM CACODYLATE	1	1
2	MGCL2	1	1
3	SPERMINE	1	1
4	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6.3

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	1.2 mM	oligonucleotide	1	drop
2	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	8 mM		1	drop	MgCl2
4	20 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
5	40 %(v/v)	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来	タイプ	ID
回転陽極	RIGAKU RU200	1
		2
		3
		4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS II	1	IMAGE PLATE	1996年11月11日
	2
	3
	4

放射

ID	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	M	x-ray	1
2	M	x-ray	2
3	M	x-ray	3
4	M	x-ray	4

放射波長

ID	相対比
1	1
2	1
3	1
4	1

反射

解像度: 1.65→21.8 Å / Num. all: 6142 / Num. obs: 6142 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.08

反射

*PLUS

最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 21.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.851	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.65→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	591	10 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
all	0.194	6000	-	-
obs	0.189	5915	96.3 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	404	24	105	533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.36
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.22

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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