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万見
- PDB-3zyn: Crystal structure of the N-terminal leucine rich repeats of Netri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zyn
タイトルCrystal structure of the N-terminal leucine rich repeats of Netrin-G Ligand-3
要素LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B
キーワードCELL ADHESION / SYNAPSE
機能・相同性
機能・相同性情報


Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / cerebellar mossy fiber / positive regulation of synapse assembly / regulation of presynapse assembly / postsynaptic density membrane / presynaptic membrane / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat-containing protein 4B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / McIlhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Cell Surface Patterning Through Netring-Ngl Interactions.
著者: Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / Mcilhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B
B: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1914
ポリマ－73,7482
非ポリマー4422
水00
1
A: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0952
ポリマ－36,8741
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0952
ポリマ－36,8741
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.100, 57.260, 100.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 57 - 365 / Label seq-ID: 4 - 312

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8343, -0.1376, -0.5338), (-0.04143, -0.9813, 0.1882), (-0.5497, -0.1349, -0.8244)
ベクター: 40.15, 88.22, 118.1)

-
要素

#1: タンパク質 LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B / NETRIN-G3 LIGAND / NGL-3


分子量: 36874.219 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL LEUCINE RICH REPEATS, RESIDUES 57-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P0C192
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.8 M SUCCINIC ACID PH 7.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→53 Å / Num. obs: 13296 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ID5

2id5


解像度: 3.2→52.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 58.717 / SU ML: 0.447 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 655 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 12344 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å22.62 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→52.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4999 0 28 0 5027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9881.9716997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8023.0048557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0315620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79423.279244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52215891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1421548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1830 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 52 -
Rwork0.357 809 -
obs--96.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.75010.16781.52594.53141.25065.65110.31710.51410.3919-0.3474-0.34881.0685-0.0222-1.010.03180.24080.1183-0.05160.3575-0.02990.5578-9.699455.858742.2088
26.5604-0.451-3.44043.73240.36084.12060.10860.3247-0.179-0.1766-0.20580.13470.1119-0.11460.09720.16590.0046-0.04790.03990.01460.075818.086448.489138.3141
31.82441.4564-2.39644.3915-0.09744.19540.07320.15880.1488-0.44720.1835-0.0479-0.383-0.0746-0.25680.4460.03070.010.38050.09430.399440.961157.439722.9735
44.3014-3.7253-2.99494.18012.515511.8598-0.7999-0.6876-0.82050.8197-0.08540.78660.2611-0.95990.88520.31460.03030.1340.8210.08540.3546-1.001646.768589.0365
56.6362-0.7977-1.72711.31860.45472.21720.0894-0.20140.2079-0.11750.0319-0.033-0.23430.0779-0.12130.3248-0.0232-0.04560.11690.0380.09321.615152.24972.1008
65.2771-0.69550.87560.79690.71071.91090.3894-0.6543-0.81780.1255-0.0401-0.31440.16360.2657-0.34930.4049-0.1123-0.15340.53630.24990.615954.433943.147871.6513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A57 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3A314 - 366
4X-RAY DIFFRACTION4B55 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5B101 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6B314 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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