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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zyn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal leucine rich repeats of Netrin-G Ligand-3 | ||||||
要素 | LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4B | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / SYNAPSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / cerebellar mossy fiber / positive regulation of synapse assembly / regulation of presynapse assembly / postsynaptic density membrane / presynaptic membrane / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / McIlhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis for Cell Surface Patterning Through Netring-Ngl Interactions. 著者: Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / Mcilhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zyn.cif.gz | 260 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zyn.ent.gz | 212 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zyn_validation.pdf.gz | 457.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zyn_full_validation.pdf.gz | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3zyn_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zyn_validation.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 57 - 365 / Label seq-ID: 4 - 312
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.8343, -0.1376, -0.5338), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36874.219 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL LEUCINE RICH REPEATS, RESIDUES 57-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P0C192 #2: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 0.8 M SUCCINIC ACID PH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→53 Å / Num. obs: 13296 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ID5 解像度: 3.2→52.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 58.717 / SU ML: 0.447 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→52.94 Å
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拘束条件 |
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