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- PDB-3zyi: NetrinG2 in complex with NGL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zyi
タイトルNetrinG2 in complex with NGL2
要素
  • LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4
  • NETRIN-G2
キーワードCELL ADHESION / LRRC4 COMPLEX / SYNAPSE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuron projection arborization / excitatory synapse assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / synaptic membrane adhesion / regulation of neuron migration / regulation of neuron projection development / excitatory synapse / regulation of presynapse assembly ...regulation of neuron projection arborization / excitatory synapse assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / synaptic membrane adhesion / regulation of neuron migration / regulation of neuron projection development / excitatory synapse / regulation of presynapse assembly / side of membrane / presynaptic active zone membrane / axonogenesis / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / dendritic spine / axon / glutamatergic synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain ...Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / : / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Laminin / Laminin / Galactose-binding domain-like / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Epidermal growth factor-like domain. / Leucine-rich repeat profile. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Netrin-G2 / Leucine-rich repeat-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / McIlhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Cell Surface Patterning Through Netring-Ngl Interactions
著者: Seiradake, E. / Coles, C.H. / Perestenko, P.V. / Harlos, K. / Mcilhinney, R.A.J. / Aricescu, A.R. / Jones, E.Y.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4
B: NETRIN-G2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3207
ポリマ－91,6482
非ポリマー6725
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area31920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.420, 153.390, 158.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 4 / BRAIN TUMOR-ASSOCIATED PROTEIN BAG / NASOPHARYNGEAL CARCINOMA-ASSOCIATED GENE 14 PROTEIN / NETRIN- ...BRAIN TUMOR-ASSOCIATED PROTEIN BAG / NASOPHARYNGEAL CARCINOMA-ASSOCIATED GENE 14 PROTEIN / NETRIN-G2 LIGAND / NGL-2


分子量: 50962.410 Da / 分子数: 1 / 断片: LRR AND IG DOMAINS, RESIDUES 1-444 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBW1
#2: タンパク質 NETRIN-G2 / LAMINET-2 / NETRING2


分子量: 40685.191 Da / 分子数: 1 / 断片: LAM AND EGF1 DOMAINS, RESIDUES 423-767 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): 293 HEK GNTI (-) / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96CW9
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINUS IS CLEAVED DURING PROTEIN PRODUCTION. C- TERMINUS CONTAINS A 6 X HISTIDINE TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50% V/V 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.2 M AMMONIUM DI-HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M TRIS PH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29 Å / Num. obs: 28390 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 67.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZYG

3zyg


解像度: 2.6→28.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8699 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 1439 5.08 %RANDOM
Rwork0.2434 ---
obs0.2456 28340 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.3293 Å20 Å20 Å2
2--26.7385 Å20 Å2
3----1.4092 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5411 0 39 0 5450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085596HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17625HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1845SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes840HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5596HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion724SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5745SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3433 153 5.23 %
Rwork0.2816 2771 -
all0.2846 2924 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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