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- PDB-1xez: Crystal Structure Of The Vibrio Cholerae Cytolysin (HlyA) Pro-Tox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xez
タイトルCrystal Structure Of The Vibrio Cholerae Cytolysin (HlyA) Pro-Toxin With Octylglucoside Bound
要素hemolysin
キーワードTOXIN / Pore-forming toxin / hemolysin / cytolysin / pro-toxin / water-soluble monomer / beta-prism / beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/Hemolysin toxin, cytolysin domain / Hemolytic toxin, N-terminal domain / Leukocidin/Hemolysin toxin, pre-stem domain / Porin MspA ribbon fold / Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin ...Leukocidin/Hemolysin toxin, cytolysin domain / Hemolytic toxin, N-terminal domain / Leukocidin/Hemolysin toxin, pre-stem domain / Porin MspA ribbon fold / Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin / Leukocidin-like / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Translation Initiation Factor IF3 / Jacalin-like lectin domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil / Other non-globular / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Special / Distorted Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Olson, R. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Vibrio cholerae Cytolysin (VCC) Pro-toxin and its Assembly into a Heptameric Transmembrane Pore
著者: Olson, R. / Gouaux, E.
履歴
登録2004年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NOT YET AVAILABLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NOT YET AVAILABLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES -4 TO 0 ARE CLONING ARTIFACTS. RESIDUES 119 AND 123 WERE MUTATED FROM ARG TO ALA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9432
ポリマ－79,6511
非ポリマー2921
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.211, 97.321, 135.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 hemolysin / Cytolysin


分子量: 79650.688 Da / 分子数: 1 / 変異: R119A, R123A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 El Tor 8731 / 遺伝子: HlyA / プラスミド: pHIS-parallel2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (Novagen) / 参照: UniProt: P09545
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, b-octylglucoside, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.97945, 0.97911, 0.97244
シンクロトロンNSLS X4A21.03917
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年10月18日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年11月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) Double CrystalMADMx-ray1
2Si(111) Double CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979111
30.972441
41.039171
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 45034 / Num. obs: 45034 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 37.276 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2968 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 61.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Isotropic thermal model: Overall anisotropic B value / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 4514 -Random
Rwork0.207 ---
all0.23 44780 --
obs0.23 44780 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.72 Å20 Å20 Å2
2---5.337 Å20 Å2
3---1.618 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5065 0 20 300 5385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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