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- PDB-3zyb: CRYSTAL STRUCTURE OF PA-IL LECTIN COMPLEXED WITH GALAG0 AT 2.3 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zyb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PA-IL LECTIN COMPLEXED WITH GALAG0 AT 2.3 A RESOLUTION
要素
  • GALA-LYS-PRO-LEUNH2
  • PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ADHESIN / GLYCOSPHINGOLIPID-ANTIGEN / GALACTOSE-SPECIFIC / GALACTOSIDES
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / P-HYDROXYBENZOIC ACID / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kadam, R.U. / Bergmann, M. / Hurley, M. / Garg, D. / Cacciarini, M. / Swiderska, M.A. / Nativi, C. / Sattler, M. / Smyth, A.R. / Williams, P. ...Kadam, R.U. / Bergmann, M. / Hurley, M. / Garg, D. / Cacciarini, M. / Swiderska, M.A. / Nativi, C. / Sattler, M. / Smyth, A.R. / Williams, P. / Camara, M. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: A Glycopeptide Dendrimer Inhibitor of the Galactose-Specific Lectin Leca and of Pseudomonas Aeruginosa Biofilms.
著者: Kadam, R.U. / Bergmann, M. / Hurley, M. / Garg, D. / Cacciarini, M. / Swiderska, M.A. / Nativi, C. / Sattler, M. / Smyth, A.R. / Williams, P. / Camara, M. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Other
改定 1.22017年2月8日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
E: PA-I galactophilic lectin
F: PA-I galactophilic lectin
G: PA-I galactophilic lectin
H: PA-I galactophilic lectin
I: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
J: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
N: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,14435
ポリマ－104,27711
非ポリマー2,86724
水16,988943
1
A: PA-I galactophilic lectin
I: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6155
ポリマ－13,2572
非ポリマー3583
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PA-I galactophilic lectin
J: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6155
ポリマ－13,2572
非ポリマー3583
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2604
ポリマ－12,9011
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2604
ポリマ－12,9011
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2604
ポリマ－12,9011
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PA-I galactophilic lectin
N: GALA-LYS-PRO-LEUNH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6155
ポリマ－13,2572
非ポリマー3583
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2604
ポリマ－12,9011
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2604
ポリマ－12,9011
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.332, 128.559, 146.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 19分子 ABCDEFGHIJN

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12901.333 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / プラスミド: PET25PAIL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097
#2: タンパク質・ペプチド GALA-LYS-PRO-LEUNH2


分子量: 355.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GALA-LYS-PRO-LEUNH2 WAS SYNTHESIZED ON SOLID PHASE / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 959分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.5
詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5 AND 25% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→73.07 Å / Num. obs: 45434 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.63 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L7L

1l7l


解像度: 2.29→49.261 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 4339 5 %
Rwork0.2137 --
obs0.2151 86959 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.533 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.1611 Å20 Å20 Å2
2---8.2604 Å20 Å2
3----0.9008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7283 0 168 943 8394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69110449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3172753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.3160.26371480.27032801X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.34330.31251400.27052697X-RAY DIFFRACTION100
2.3433-2.37190.30491470.28212733X-RAY DIFFRACTION100
2.3719-2.40190.27591480.27572793X-RAY DIFFRACTION100
2.4019-2.43350.3281390.28012785X-RAY DIFFRACTION100
2.4335-2.46680.32281400.26352726X-RAY DIFFRACTION100
2.4668-2.50210.31421420.2662734X-RAY DIFFRACTION100
2.5021-2.53940.29811490.26572772X-RAY DIFFRACTION100
2.5394-2.57910.31931490.25492771X-RAY DIFFRACTION100
2.5791-2.62140.31411450.25332761X-RAY DIFFRACTION100
2.6214-2.66660.29761430.24382769X-RAY DIFFRACTION100
2.6666-2.71510.26271440.25442708X-RAY DIFFRACTION100
2.7151-2.76730.28311490.23432778X-RAY DIFFRACTION100
2.7673-2.82380.30421470.23452800X-RAY DIFFRACTION100
2.8238-2.88520.24771430.22372714X-RAY DIFFRACTION99
2.8852-2.95230.29441430.23552780X-RAY DIFFRACTION100
2.9523-3.02610.22981440.21632722X-RAY DIFFRACTION100
3.0261-3.10790.25461510.21272776X-RAY DIFFRACTION99
3.1079-3.19930.22341400.19932733X-RAY DIFFRACTION100
3.1993-3.30260.1931490.18662786X-RAY DIFFRACTION100
3.3026-3.42060.23241450.18712705X-RAY DIFFRACTION100
3.4206-3.55750.22261480.18482810X-RAY DIFFRACTION99
3.5575-3.71940.20731380.17952708X-RAY DIFFRACTION100
3.7194-3.91540.15751460.17612739X-RAY DIFFRACTION100
3.9154-4.16060.17631470.16422784X-RAY DIFFRACTION99
4.1606-4.48160.18591470.16162750X-RAY DIFFRACTION100
4.4816-4.93220.22141440.17982757X-RAY DIFFRACTION99
4.9322-5.6450.2241400.19752735X-RAY DIFFRACTION100
5.645-7.10880.25351440.24732749X-RAY DIFFRACTION99
7.1088-49.27270.21761400.21472744X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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