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- PDB-3zya: Human p38 MAP Kinase in Complex with 2-amino-phenylamino- dibenzo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zya
タイトルHuman p38 MAP Kinase in Complex with 2-amino-phenylamino- dibenzosuberone
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
キーワードTRANSFERASE / ALLOSTERIC REGULATION / PROTEIN KINASE INHIBITOR / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP / P38 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASES
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / MAP kinase kinase activity / signal transduction in response to DNA damage / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / positive regulation of brown fat cell differentiation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-PHENYLAMINO-DIBENZOSUBERONE / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Romir, J. / Koeberle, S.C. / Laufer, S.A. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Skepinone-L is a Selective P38 Mitogen-Activated Protein Kinase Inhibitor.
著者: Koeberle, S.C. / Romir, J. / Fischer, S. / Koeberle, A. / Schattel, V. / Albrecht, W. / Grutter, C. / Werz, O. / Rauh, D. / Stehle, T. / Laufer, S.A.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3132
ポリマ－41,9991
非ポリマー3141
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.155, 51.863, 167.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14 / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID- ...MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID-BINDING PROTEIN / CSBP / MAP KINASE MXI2 / MAX-INTERACTING PROTEIN 2 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE P38 ALPHA / MAP KINASE P38 ALPHA / SAPK2A


分子量: 41998.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2A8 / 2-AMINO-PHENYLAMINO-DIBENZOSUBERONE


分子量: 314.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES (PH 7.4), 20 % PEG 8000, 1 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9996
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44 Å / Num. obs: 67368 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.32
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P38

1p38
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→44.121 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 18.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 3122 5 %
Rwork0.1706 --
obs0.1725 62177 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.303 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2128 Å20 Å20 Å2
2--2.0957 Å20 Å2
3---0.117 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2789 0 24 316 3129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0843961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3431081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.29093070.24065923X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-2.04670.2423250.21275895X-RAY DIFFRACTION99
2.0467-2.13980.23093210.18775921X-RAY DIFFRACTION99
2.1398-2.25270.22393110.17525931X-RAY DIFFRACTION99
2.2527-2.39380.21473070.16985892X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.57860.23243080.17515935X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-2.83810.20333040.16495897X-RAY DIFFRACTION99
2.8381-3.24860.23153180.17275913X-RAY DIFFRACTION99
3.2486-4.09250.19893060.15395876X-RAY DIFFRACTION99
4.0925-44.13270.17563150.16385872X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60830.85470.64411.83140.1571.79690.01690.0255-0.0085-0.0013-0.0340.09350.08020.04770.08860.12880.0031-0.00650.12710.00740.18224.3545-13.2512-35.659
22.04830.5596-1.31631.1098-0.66682.2712-0.03490.0741-0.1255-0.00850.03890.07580.0365-0.1484-0.00320.1696-0.002-0.03850.1595-0.00270.179613.4633-17.1848-24.4165
32.6278-0.9361-0.212.87960.06193.0136-0.0427-0.20410.539-0.00390.0459-0.0158-0.44210.04910.00040.196-0.0382-0.0140.2005-0.02760.202-0.6538-3.3153-9.9445
42.7090.4441-0.88280.682-0.37461.44120.0358-0.3373-0.25940.1323-0.0976-0.0601-0.01580.06440.05620.196-0.0216-0.06370.17590.0290.154817.1743-14.4323-14.0536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ -4:77)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 78:166)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 167:278)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 279:353)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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