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- PDB-3zy3: Crystal structure of POFUT1 in complex with GDP (crystal-form-III) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zy3
タイトルCrystal structure of POFUT1 in complex with GDP (crystal-form-III)
要素PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GT-B / CATALYTIC MECHANISM / GT65
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / fucosyltransferase activity / fucose metabolic process / protein O-linked glycosylation / Notch signaling pathway / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Lira-Navarrete, E. / Valero-Gonzalez, J. / Villanueva, R. / Martinez-Julvez, M. / Tejero, T. / Merino, P. / Panjikar, S. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism of Protein O-Fucosylation.
著者: Lira-Navarrete, E. / Valero-Gonzalez, J. / Villanueva, R. / Martinez-Julvez, M. / Tejero, T. / Merino, P. / Panjikar, S. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
B: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1927
ポリマ－82,0172
非ポリマー1,1755
水5,747319
1
A: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7405
ポリマ－41,0091
非ポリマー7314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4522
ポリマ－41,0091
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.180, 132.180, 77.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A25 - 380
2114B25 - 380

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.447, 0.4476, 0.7745), (0.4737, -0.8529, 0.2195), (0.7588, 0.2688, -0.5932))

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1 / PEPTIDE-O-FUCOSYLTRANSFERASE 1 / O-FUCT-1 / POFUT1


分子量: 41008.746 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-383 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q18014, peptide-O-fucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.99
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→24.98 Å / Num. obs: 64057 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZY2

3zy2


解像度: 1.86→114.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.706 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24457 1057 1.7 %RANDOM
Rwork0.20477 ---
obs0.20546 62998 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20.27 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→114.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5589 0 71 319 5979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.9597904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1015692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34223.731268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36515962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8181533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.53492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01725657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70732336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7184.52247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2755 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.540.5
2Bmedium positional0.540.5
1Amedium thermal0.842
2Bmedium thermal0.842
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 71 -
Rwork0.301 4549 -
obs--96.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9929-0.62320.39730.8563-0.39660.92880.03760.08220.0941-0.0328-0.0295-0.0146-0.0301-0.1465-0.00810.02080.02690.00450.09810.00220.0299-22.57838.65911.688
21.08820.2118-0.16261.59350.42931.34530.10210.09490.02220.11830.0116-0.2834-0.0620.0178-0.11370.06970.0678-0.03670.1185-0.01370.1092-9.5450.071-19.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 381
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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