[日本語] English
万見
- PDB-3zy2: Crystal structure of POFUT1 in complex with GDP (High resolution ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zy2
タイトルCrystal structure of POFUT1 in complex with GDP (High resolution dataset)
要素PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GT-B / CATALYTIC MECHANISM / GT65
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / fucosyltransferase activity / fucose metabolic process / protein O-linked glycosylation / Notch signaling pathway / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Lira-Navarrete, E. / Valero-Gonzalez, J. / Villanueva, R. / Martinez-Julvez, M. / Tejero, T. / Merino, P. / Panjikar, S. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism of Protein O-Fucosylation.
著者: Lira-Navarrete, E. / Valero-Gonzalez, J. / Villanueva, R. / Martinez-Julvez, M. / Tejero, T. / Merino, P. / Panjikar, S. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5073
ポリマ－41,0091
非ポリマー4982
水6,323351
1
A: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子

A: PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0146
ポリマ－82,0172
非ポリマー9964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-18.4 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.018, 38.247, 68.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 PUTATIVE GDP-FUCOSE PROTEIN O-FUCOSYLTRANSFERASE 1 / PEPTIDE-O-FUCOSYLTRANSFERASE 1 / O-FUCT-1 / POFUT1


分子量: 41008.746 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 26-383 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q18014, peptide-O-fucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
解説: 3ZY2 WAS SOLVED FROM SAD PHASING METHODOLOGY USING A HIGHLY REDUNDANT DATASET TOGETHER WITH AN ISOMORPHOUS HIGH RESOLUTION DATASET (IN THIS CASE THIS ISOMORPHOUS HIGH RESOLUTION DATASET IS 3ZY2)

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→19.5 Å / Num. obs: 53812 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.54→70.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.307 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23725 1010 1.9 %RANDOM
Rwork0.20507 ---
obs0.2057 52544 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.687 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å2-1.05 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→70.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 29 351 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9453820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5935339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5523.817131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88215466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4071515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.51710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20722774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17231108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3244.51046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 75 -
Rwork0.27 3858 -
obs--99.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.7158 Å / Origin y: -19.2162 Å / Origin z: 15.0536 Å
111213212223313233
T0.0561 Å20.0048 Å2-0.002 Å2-0.0081 Å20.0071 Å2--0.0628 Å2
L0.9405 °20.0792 °20.454 °2-0.1116 °20.0038 °2--1.919 °2
S0.0595 Å °0.0656 Å °-0.0245 Å °-0.0167 Å °0.0174 Å °0.0269 Å °0.0071 Å °-0.0288 Å °-0.0769 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る