PDB-3zxs: Cryptochrome B from Rhodobacter sphaeroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zxs

タイトル

Cryptochrome B from Rhodobacter sphaeroides

要素

CRYPTOCHROME B

キーワード

LYASE / CRYPRO / LUMAZINE / IRON-SULFUR-CLUSTER

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Geisselbrecht, Y. / Fruhwirth, S. / Pierik, A.J. / Klug, G. / Essen, L.-O.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2012
タイトル: Cryb from Rhodobacter Sphaeroides: A Unique Class of Cryptochromes with New Cofactors.
著者: Geisselbrecht, Y. / Fruhwirth, S. / Schroeder, C. / Pierik, A.J. / Klug, G. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Other
改定 1.2	2014年8月13日	Group: Refinement description
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zxs.cif.gz	613 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zxs.ent.gz	510 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zxs_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zxs_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3zxs_validation.xml.gz	59.2 KB	表示
CIF形式データ	3zxs_validation.cif.gz	81.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4h2c-d 4aie-d 7jyy-2 3o7u-d 2ar8-d 5lfa-d 3a4a-d 3lv0-d 2vsk-2 5zce-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRYPTOCHROME B

B: CRYPTOCHROME B

C: CRYPTOCHROME B

ヘテロ分子

184 kDa, 3 ポリマー
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1

A: CRYPTOCHROME B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CRYPTOCHROME B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CRYPTOCHROME B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.840, 137.840, 521.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	3	A	A	3 - 95	17 - 109
2	1	ARG	ARG	GLY	GLY	3	B	B	3 - 95	17 - 109
3	1	ARG	ARG	GLY	GLY	3	C	C	3 - 95	17 - 109
1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	3	A	A	97 - 140	111 - 154
2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	3	B	B	97 - 140	111 - 154
3	2	ARG	ARG	GLU	GLU	3	C	C	97 - 140	111 - 154
1	3	ARG	ARG	PRO	PRO	4	A	A	146 - 184	160 - 198
2	3	ARG	ARG	PRO	PRO	4	B	B	146 - 184	160 - 198
3	3	ARG	ARG	PRO	PRO	4	C	C	146 - 184	160 - 198
1	4	PRO	PRO	GLN	GLN	4	A	A	189 - 475	203 - 489
2	4	PRO	PRO	GLN	GLN	4	B	B	189 - 475	203 - 489
3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	4	C	C	189 - 475	203 - 489
1	5	TYR	TYR	VAL	VAL	4	A	A	477 - 508	491 - 522
2	5	TYR	TYR	VAL	VAL	4	B	B	477 - 508	491 - 522
3	5	TYR	TYR	VAL	VAL	4	C	C	477 - 508	491 - 522

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4936, 0.8694, 0.02437), (0.7614, 0.4455, -0.4709), (-0.4203, -0.2139, -0.8818)	1.233, 170.6, 595.3
2	given	(-0.4936, 0.8694, 0.02437), (0.7614, 0.4455, -0.4709), (-0.4203, -0.2139, -0.8818)	1.233, 170.6, 595.3
3	given	(-0.4936, 0.8694, 0.02437), (0.7614, 0.4455, -0.4709), (-0.4203, -0.2139, -0.8818)	1.233, 170.6, 595.3
4	given	(-0.4936, 0.8694, 0.02437), (0.7614, 0.4455, -0.4709), (-0.4203, -0.2139, -0.8818)	1.233, 170.6, 595.3
5	given	(-0.4936, 0.8694, 0.02437), (0.7614, 0.4455, -0.4709), (-0.4203, -0.2139, -0.8818)	1.233, 170.6, 595.3
6	given	(-0.1318, -0.2137, 0.968), (-0.248, -0.9383, -0.2409), (0.9597, -0.2718, 0.07066)	-255.4, 138.8, 263.1
7	given	(-0.1318, -0.2137, 0.968), (-0.248, -0.9383, -0.2409), (0.9597, -0.2718, 0.07066)	-255.4, 138.8, 263.1
8	given	(-0.1318, -0.2137, 0.968), (-0.248, -0.9383, -0.2409), (0.9597, -0.2718, 0.07066)	-255.4, 138.8, 263.1
9	given	(-0.1318, -0.2137, 0.968), (-0.248, -0.9383, -0.2409), (0.9597, -0.2718, 0.07066)	-255.4, 138.8, 263.1
10	given	(-0.1318, -0.2137, 0.968), (-0.248, -0.9383, -0.2409), (0.9597, -0.2718, 0.07066)	-255.4, 138.8, 263.1

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	CRYPTOCHROME B / RSCRYB 分子量: 59828.379 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-508 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 株: DSM 158 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q3IXP1

-
非ポリマー , 6種, 432分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン分子量: 326.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈N₄O₆
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	HIS-TAG SEQUENCE MRGSHHHHHHGIR (RESIDUES -12-0 INSERTION OF A LEUCINE AT POSITION 2 DUE TO CLONING STRATEGY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.49 % 解説: FINE SLICING 0.06 DEGREES ROTATION DUE TO LONG C- AXIS. ANOMALOUS SIGNAL OF 4FE4S-CLUSTER USED.
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.3 M MGCL2, 0.1M BICINE PH 8.5, 29.5% PEG2000, 17.5% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.319
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 / 詳細: TORODIAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 81535 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.2 % / B_iso Wilson estimate: 48.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 15.2 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→24.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.371 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.248
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. IN MOLECULE C LOOP AA 142-144 IS DISORDERED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY AND LOOP AA 183-187 SHOWS WEAK ELECTRON DENSITY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22837	2000	2.5 %	SHELLED
R_work	0.19774	-	-	-
obs	0.19851	79535	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0.82 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11977	0	258	417	12652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	12585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.983	17174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.101	3	20690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.15	5	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.948	21.692	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.039	15	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.181	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14079
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.793	1.5	7601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.206	1.5	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.586	2	12099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.383	3	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.076	4.5	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	804	tight positional	0.13	0.05
2	B	804	tight positional	0.11	0.05
3	C	804	tight positional	0.16	0.05
1	A	4745	medium positional	0.47	0.5
2	B	4745	medium positional	0.43	0.5
3	C	4745	medium positional	0.49	0.5
1	A	974	loose positional	0.41	5
2	B	974	loose positional	0.48	5
3	C	974	loose positional	0.51	5
1	A	804	tight thermal	1.14	0.5
2	B	804	tight thermal	1.13	0.5
3	C	804	tight thermal	2.02	0.5
1	A	4745	medium thermal	1.64	2
2	B	4745	medium thermal	1.34	2
3	C	4745	medium thermal	2.49	2
1	A	974	loose thermal	1.12	10
2	B	974	loose thermal	1.02	10
3	C	974	loose thermal	1.59	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	142	-
R_work	0.242	5667	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4601	-0.1098	-0.1336	0.8409	0.0135	0.4858	-0.0218	-0.0185	-0.0274	-0.051	0.0369	-0.0995	0.0482	-0.0768	-0.0151	0.2073	-0.0457	0.0114	0.1147	-0.003	0.156	34.8064	41.2732	281.7285
2	1.9108	-0.5536	-0.3006	0.2813	-0.0776	0.7216	-0.018	-0.0383	-0.0271	-0.1159	0.0037	-0.027	0.1422	-0.1585	0.0143	0.2573	-0.05	-0.0446	0.1361	0.0048	0.0911	17.0885	47.4123	268.2628
3	0.6149	0.6653	0.3156	0.7554	0.3078	1.8629	-0.083	-0.0298	0.078	-0.1526	-0.0138	0.1542	-0.0742	-0.2733	0.0968	0.1201	-0.0554	-0.1325	0.218	0.0224	0.1578	-0.8393	52.9384	278.9338
4	0.4073	0.0691	-0.0321	0.2501	-0.0078	0.15	-0.0095	-0.0593	0.0213	-0.0334	-0.0017	0.017	0.0108	-0.0431	0.0111	0.1727	-0.0482	-0.0231	0.1583	0.0007	0.1513	17.6646	56.5259	290.6037
5	0.375	-0.0841	-0.008	1.351	0.361	0.7103	-0.0544	0.027	0.0725	-0.0934	0.0615	0.0758	0.0139	-0.0249	-0.0071	0.1555	-0.0135	-0.0372	0.1351	0.0281	0.1567	16.031	70.3716	284.8764
6	0.8254	-0.6703	-0.0819	0.5752	0.0785	0.6981	0.1218	-0.0316	0.1289	-0.1574	-0.0351	-0.0682	-0.0341	-0.0534	-0.0868	0.1668	0.0423	-0.0713	0.124	0.0209	0.2067	13.9519	84.1251	278.5567
7	0.5975	0.0493	-0.3541	0.5623	-0.3235	0.4859	0.057	-0.0353	-0.0181	0.0287	0.0003	0.0171	-0.0108	-0.0253	-0.0573	0.1478	-0.0561	-0.0089	0.1923	0.015	0.1526	14.9264	38.1485	336.6849
8	0.8857	-0.5017	0.1675	0.3311	-0.1384	0.0752	0.0312	-0.2157	-0.0303	-0.0073	0.019	0.0334	-0.0091	0.034	-0.0502	0.1577	-0.0606	-0.0344	0.2649	0.0378	0.12	31.6465	33.5224	346.1621
9	0.4954	0.2105	0.2343	0.6845	-0.9288	2.1504	0.073	-0.1281	-0.0889	-0.0291	-0.1058	0.0151	0.2055	0.2158	0.0328	0.1495	0.0298	-0.0408	0.1564	0.1272	0.1653	43.9674	13.3958	335.0992
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11	0.214	0.1445	-0.156	0.5271	-0.0248	0.1568	0.0108	-0.0308	0.0082	0.0047	-0.0532	-0.0632	0.0101	0.0371	0.0424	0.1663	-0.0261	-0.0215	0.1643	0.0446	0.166	40.6877	34.5359	326.7321
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13	3.9057	-0.4868	-0.3714	0.3905	-0.4546	0.8015	0.0812	-0.2668	-0.1152	-0.0603	-0.0866	0.0216	0.0431	0.1992	0.0055	0.1189	0.035	-0.0202	0.1882	0.1048	0.1801	62.956	36.2757	324.5918
14	13.6961	-4.6616	0.9397	1.6176	-0.4673	1.1069	0.1758	0.1908	0.2117	-0.0948	-0.1326	-0.0808	-0.0723	0.1609	-0.0432	0.174	0.0346	0.0336	0.128	0.0813	0.1963	58.6827	46.1828	313.5811
15	0.0261	0.1425	-0.0112	1.3908	0.3745	0.5474	0.025	-0.0053	-0.0055	0.0353	-0.0891	0.0085	-0.0251	0.0594	0.0642	0.1845	-0.0791	-0.0213	0.1334	0.012	0.1678	6.1189	24.4201	306.3053
16	0.3022	0.1906	-0.416	0.3837	0.3881	2.2576	-0.0712	0.038	0.1579	-0.1028	0.0375	0.2111	0.0091	-0.13	0.0338	0.1554	-0.062	-0.0575	0.1311	0.0605	0.1638	-2.4013	24.2213	283.3352
17	0.2755	0.3298	-0.0299	0.441	-0.2315	1.1658	-0.0981	-0.0414	-0.0692	-0.1199	-0.0271	-0.0919	-0.0139	0.0988	0.1252	0.2033	-0.0498	0.0354	0.1273	0.0384	0.1605	17.1172	15.5915	287.8153
18	0.1593	0.3081	0.0108	0.6425	0.0167	0.07	-0.0652	-0.0089	0.0405	-0.1517	0.0304	0.0202	0.1139	-0.0373	0.0348	0.2591	-0.0757	0.0097	0.0991	-0.0021	0.1617	2.2617	4.12	283.0561
19	0.0271	0.1211	0.0363	1.1701	-0.3424	0.9906	-0.0762	-0.0223	0.0224	-0.4756	-0.0567	0.0708	0.2626	0.0264	0.1329	0.4775	-0.0679	-0.0379	0.0925	0.0145	0.0456	-7.2948	-10.2051	275.0656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 380
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	381 - 451
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	452 - 509
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	96 - 147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	148 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	184 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	289 - 415
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	416 - 451
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	452 - 485
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	486 - 509
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	2 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	96 - 184
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	185 - 288
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	289 - 451
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	452 - 509

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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