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- PDB-3zxd: wild-type lysenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxd
タイトルwild-type lysenin
要素LYSENIN
キーワードTOXIN / PORE FORMING TOXIN / EARTHWORM
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #980 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種EISENIA FETIDA (シマミミズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
著者: De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSENIN
B: LYSENIN
C: LYSENIN
D: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,05028
ポリマ－139,3844
非ポリマー1,66624
水1448
1
A: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,47711
ポリマ－34,8461
非ポリマー63110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4018
ポリマ－34,8461
非ポリマー5557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9874
ポリマ－34,8461
非ポリマー1413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1855
ポリマ－34,8461
非ポリマー3394
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.910, 85.560, 108.810
Angle α, β, γ (deg.)98.88, 96.84, 90.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, -0.00139, -0.00176), (-0.00139, -1, -0.00228), (-0.00176, 0.00228, -1)29.4951, -17.95526, -23.40585
2given(-0.09731, -0.42236, 0.90199), (-0.1457, -0.88969, -0.4327), (0.98453, -0.17341, 0.02504)-13.40506, -39.91133, 24.04018
3given(-0.22469, -0.41298, 0.88259), (0.18757, 0.87048, 0.45506), (-0.95621, 0.26779, -0.11813)13.60263, 22.70005, -50.02237

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
LYSENIN / EFL1


分子量: 34846.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EISENIA FETIDA (シマミミズ) / 組織: COELOMIC FLUID / プラスミド: PTETLYS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O18423

-
非ポリマー , 7種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1M MES, 1.6M MAGNESIUM SULFATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44.36 Å / Num. obs: 30603 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZX7

3zx7


解像度: 3.3→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8578 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.411
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1539 5.03 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2142 30580 97.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.422 Å2-1.9532 Å2-2.0089 Å2
2--8.8038 Å28.4978 Å2
3----14.2258 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.703 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9277 0 91 8 9376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00718621HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9433506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5154SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes226HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2731HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18621HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1275SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18756SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 156 5.2 %
Rwork0.2341 2845 -
all0.236 3001 -
obs--97.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5207-3.867-1.87863.56620.49810.0839-0.0917-0.0056-0.16240.46580.02330.33590.22040.03310.0683-0.0998-0.0439-0.0601-0.2951-0.01150.444-21.409317.3127-6.9104
26.6308-0.79532.21915.2126-1.72415.59520.0252-0.2067-0.18730.22780.1218-0.2175-0.2640.0099-0.1469-0.20280.0994-0.0159-0.2422-0.05610.602-7.21225.5952-0.2166
30.60685.6873-2.46057.2855-1.3319-0.312-0.08860.02550.0063-0.09340.09880.0356-0.00990.3061-0.0103-0.45290.32510.0179-0.2739-0.11990.5656-11.201320.6982-10.675
40.33591.044-0.69973.0273-2.05251.3860.0192-0.0463-0.02840.0624-0.042-0.0147-0.07840.01020.02280.09220.18850.18970.1352-0.06590.191-19.639821.88043.1895
58.5996-6.11660.04764.3996-1.00720.3239-0.11280.2191-0.05730.01030.10280.03170.2075-0.02940.01-0.24410.032-0.0542-0.4654-0.16520.5973-17.287816.6986-10.6145
62.4599-0.9738-0.47733.7277-0.23851.5881-0.4528-0.70340.20870.93050.3830.10350.49860.00570.06970.09050.26590.0543-0.0737-0.03970.186312.8386-13.57595.8816
72.05643.22690.31414.3572-0.6994-0.4012-0.2516-0.03310.147-0.29280.21720.4197-0.0041-0.07660.0344-0.13670.03420.0078-0.2621-0.07250.35488.0188-35.2173-16.5516
85.8845-4.2954-3.75932.4751-1.64518.0496-0.12780.26730.3366-0.64410.0913-0.19910.38430.19240.03650.0442-0.06060.125-0.2024-0.07540.359422.2587-23.5996-23.2177
91.83520.32053.342611.9721-2.23910.4481-0.0745-0.0698-0.2574-0.14760.2924-0.04270.04060.2305-0.2179-0.31460.06580.0686-0.1596-0.04550.249118.2712-38.6699-12.6264
10-0.0561-0.52480.16262.693-1.69411.19110.015-0.0160.0343-0.10320.0412-0.13790.0252-0.0037-0.05610.2343-0.168-0.05510.244-0.08540.0229.7792-39.8333-26.6376
1110.20855.83070.92413.46710.192-0.0513-0.0086-0.0499-0.08230.02740.03210.0483-0.1358-0.0243-0.0234-0.14040.05650.0743-0.4771-0.14960.49812.2036-34.7055-12.6759
124.28911.67812.29895.2467-0.22430.5504-0.42990.76640.0403-1.08850.51310.0591-0.40830.296-0.08320.0592-0.22340.0742-0.1868-0.09640.28942.3394-4.4343-29.3056
133.7108-0.1650.25222.66452.00982.5096-0.0956-0.0749-0.2150.11650.3027-0.2723-0.1952-0.1709-0.2071-0.2635-0.0121-0.0546-0.3895-0.06050.4255-24.9159-48.0855-1.1176
143.65095.43660.94783.2710.44066.94980.0267-0.0477-0.15620.1184-0.0737-0.0978-0.09910.42770.0470.05720.0087-0.03880.0441-0.12210.2086-16.7938-42.423317.7003
150.18793.94391.93365.90521.72964.05120.0077-0.18-0.03020.39210.1021-0.13680.1874-0.1334-0.1098-0.05750.21360.1044-0.02750.00620.1275-29.8799-52.94568.896
16-0.05233.8410.2063.4775-0.709-0.2033-0.0356-0.33370.05280.00030.0786-0.00360.0483-0.0225-0.0431-0.03260.1474-0.0392-0.27140.08410.3299-15.7872-54.92260.9685
171.4574-0.0147-1.2340.67820.2184-0.2686-0.0856-0.4022-0.05510.30070.16750.3326-0.00180.014-0.0819-0.01750.1023-0.0121-0.2229-0.04350.3931-28.157-47.58294.3956
180.62340.80981.62921.72480.54263.64040.0681-0.2981-0.24280.47970.0395-0.40170.21630.2897-0.10760.1554-0.1385-0.13250.2825-0.157-0.1597-3.535-32.735938.301
193.3630.6202-1.65974.1785-0.6533-0.4349-0.12690.0933-0.2609-0.21020.276-0.39720.3094-0.2327-0.1491-0.37810.04690.0237-0.4019-0.09050.46853.880729.9427-21.546
201.2659-2.6298-4.77442.57781.48319.7904-0.02650.40960.0674-0.69040.2244-0.0890.10940.3785-0.19790.176-0.1479-0.0039-0.0933-0.14770.14876.873429.7683-36.4289
212.18980.32591.9210.74091.92871.0109-0.27840.44390.0388-0.66620.32430.11260.04280.0083-0.046-0.0872-0.03560.0078-0.3792-0.0360.50371.201431.1671-23.5598
220.1571-1.7258-0.94641.76183.94875.05770.0636-0.18380.0979-0.15220.1649-0.3349-0.1587-0.1309-0.22850.3602-0.27440.16340.2981-0.3073-0.438121.100616.0621-66.6853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 6-44)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 45-72)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 73-96)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 97-102)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 103-165)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 166-921)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 6-44)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 45-72)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID73-96)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 97-102)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 103-165)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 166-921)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 8-44)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 45-72)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 73-96)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 97-102)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID103 - CAND RESID165)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 166-546)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 8-41)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 42-97)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 98-159)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 160-921)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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