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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zxd | ||||||
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タイトル | wild-type lysenin | ||||||
![]() | LYSENIN | ||||||
![]() | TOXIN / PORE FORMING TOXIN / EARTHWORM | ||||||
機能・相同性 | ![]() other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition. 著者: De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 483.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 401.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 34846.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 32分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
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![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 1M MES, 1.6M MAGNESIUM SULFATE PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→44.36 Å / Num. obs: 30603 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ZX7 解像度: 3.3→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8578 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.411
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原子変位パラメータ | Biso mean: 69.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.703 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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