PDB-3zwq: HYPERTHERMOPHILIC ESTERASE FROM THE ARCHEON PYROBACULUM CALIDIFONTIS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwq

タイトル

HYPERTHERMOPHILIC ESTERASE FROM THE ARCHEON PYROBACULUM CALIDIFONTIS

要素

ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / HYPERTHERMOPHILIC ENZYME / ESTERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Bogdanovic, X. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of an Esterase from the Hyperthermophilic Microorganism Pyrobaculum Calidifontis Va1 Supports Explanation of its Enantioselectivity.
著者: Palm, G.J. / Fernandez-Alvaro, E. / Bogdanovic, X. / Bartsch, S. / Sczodrok, J. / Singh, R.K. / Boettcher, D. / Atomi, H. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2011年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2011年8月17日	ID: 2WIR
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwq.cif.gz	260.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwq.ent.gz	213.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yh2C 2c7bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yh2-d 3etr-3 1y4u-d 3wj2-d 1a0e-d 2w3r-4 3v5r-d 5l2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

B: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

B: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

A: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

B: ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.919, 127.271, 93.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2134- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.95, -0.311, -0.015), (-0.311, 0.95, 0.013), (0.01, 0.017, -1)
ベクター: -60.20645, -9.90338, 38.88976)

#1: タンパク質	ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD-3 DOMAIN PROTEIN / PESTE 分子量: 34396.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌) / 株: VA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: A3MVR4, carboxylesterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 2 UL PROTEIN (IN 20 MM TRIS PH 8.0) PLUS 2 UL RESERVOIR (30% MPD, 10% PEG 6000, 0.1 M NAOAC).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月9日 / 詳細: OSMIC MULTILAYER
放射	モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44 Å / Num. obs: 46646 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7B

2c7b

解像度: 2→127 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 10.594 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2358	2351	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20509	-	-	-
obs	0.20667	43950	91.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→127 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4787	0	0	246	5033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.969	6723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	8129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.489	5	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.375	22.896	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.364	15	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.726	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.431	1.5	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.107	1.5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.767	2	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.247	3	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.961	4.5	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	101	-
R_work	0.32	2013	-
obs	-	-	57.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.1499	-6.3396	-5.1688	17.3304	1.7983	18.9318	-0.9204	-0.157	-0.2809	1.1046	0.8545	-2.1802	1.1938	1.4025	0.0658	0.387	0.1768	-0.3162	0.2992	-0.1975	0.7324	-7.355	-9.028	19.267
2	6.8882	3.2055	-1.6489	13.6366	0.3682	0.8977	0.1863	-0.3173	-0.0144	-0.0252	-0.286	-0.8932	-0.2833	0.4532	0.0997	0.1954	-0.2222	-0.0476	0.4614	0.0714	0.3975	-4.001	-7.652	0.224
3	1.7923	-0.6201	-0.0148	2.6727	-0.7443	1.4701	-0.106	0.1457	-0.1838	-0.1766	0.1374	-0.1014	0.1286	0.1143	-0.0315	0.0838	-0.0106	0.0334	0.1135	-0.0456	0.2475	-16.016	-27.728	0.927
4	1.6407	0.5129	0.2587	2.0893	0.3988	1.3075	-0.1254	0.136	0.0501	-0.2013	0.1396	-0.1258	-0.1383	0.0732	-0.0141	0.0922	-0.02	0.0185	0.0854	0.0126	0.2484	-23.389	-12.469	1.18
5	1.6724	0.0148	0.3444	2.3374	0.1531	0.9602	-0.1508	-0.0149	0.0512	0.1275	0.0993	0.1857	-0.0364	0.0308	0.0516	0.0908	0.0221	0.018	0.0704	-0.0103	0.2157	-27.313	-14.854	9.15
6	7.4801	-4.6513	-8.8985	5.9463	1.8418	15.2791	0.0082	0.455	-0.6538	-0.3506	-0.4108	1.0246	0.5134	-0.5471	0.4025	0.2704	-0.061	-0.0368	0.3011	-0.2389	0.85	-51.15	-15.729	18.74
7	4.4364	-0.0749	-0.3401	5.1081	-0.3304	2.7673	-0.0694	-0.3504	-0.1958	1.1155	-0.0873	0.4866	0.5094	-0.2176	0.1567	0.5951	-0.0651	0.3156	0.1649	0.1082	0.3477	-41.755	-32.614	34.799
8	2.6857	-1.0418	-1.4837	2.0341	0.5352	2.7916	-0.1751	-0.5	-0.3877	0.9626	0.1682	0.4017	0.2	0.0335	0.0068	0.6281	0.0179	0.2589	0.2517	0.1449	0.2267	-39.024	-26.4	36.632
9	3.4144	-1.1132	0.9393	5.4719	0.435	1.7068	-0.0141	-0.6529	-0.3406	1.2901	0.2052	-0.268	0.218	-0.0936	-0.1911	0.7569	0.1184	0.046	0.3695	0.1365	0.1157	-28.251	-24.003	39.943
10	14.8082	-2.3154	-2.6423	8.0557	-1.0843	8.9105	-0.3382	-0.364	-0.5142	0.639	-0.0233	0.8177	0.3401	-0.6085	0.3615	0.2398	0.0077	0.1502	0.1219	-0.0061	0.2917	-43.774	-5.159	27.817
11	1.356	-0.4028	-0.4486	3.3345	0.8966	1.3086	-0.2006	-0.3694	-0.1083	0.9634	0.1566	0.183	0.128	0.0303	0.0439	0.4533	0.0844	0.0964	0.2262	0.0692	0.1101	-31.879	-14.736	31.312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	148 - 225
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	226 - 313
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	25 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	78 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	126 - 196
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	197 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	211 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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