PDB-2yh2: Pyrobaculum calidifontis esterase monoclinic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yh2

タイトル

Pyrobaculum calidifontis esterase monoclinic form

要素

ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / HYPERTHERMOPHILIC ENZYME / TERTIARY ALCOHOL / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylesterase / carboxylesterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Bogdanovic, X. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of an Esterase Fom the Hyperthermophilic Microorganism Pyrobaculum Calidifontis Va1 Supports Explanation of its Enantioselectivity.
著者: Palm, G.J. / Fernandez-Alvaro, E. / Bogdanovic, X. / Bartsch, S. / Sczodrok, J. / Singh, R.K. / Boettcher, D. / Atomi, H. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2011年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references / Other ...Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yh2.cif.gz	476.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yh2.ent.gz	395.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yh2_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yh2_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	2yh2_validation.xml.gz	44.3 KB	表示
CIF形式データ	2yh2_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zwqC 2wir PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zwq-1 3wj2-d 3v5r-d 1y4u-d 6gly-d 1m7g-5 1xlj-d 5l2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESTERASE

B: ESTERASE

C: ESTERASE

D: ESTERASE

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.282, 72.335, 141.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99979, 0.0018, -0.02032), (0.00748, -0.89429, -0.44742), (-0.01898, -0.44748, 0.89409)	29.56792, 56.28368, 13.51402
2	given	(0.99873, -0.04432, -0.02398), (-0.04407, -0.99897, 0.01071), (-0.02443, -0.00964, -0.99966)	2.20997, 42.67968, 71.47411
3	given	(-0.99955, 0.02984, 0.00103), (0.02727, 0.89815, 0.43885), (0.01217, 0.43868, -0.89856)	28.2014, -13.72702, 57.84884
4	given	(-0.9982, 0.05663, -0.01983), (0.04134, 0.88868, 0.45667), (0.04348, 0.45502, -0.88942)	28.74554, -14.69877, 56.58555
5	given	(0.99941, -0.0336, 0.0065), (-0.03354, -0.99939, -0.00951), (0.00682, 0.00929, -0.99993)	0.47794, 43.633, 70.62668
6	given	(-0.99962, 0.01485, 0.02319), (-0.02367, -0.89352, -0.44839), (0.01406, -0.44877, 0.89354)	28.12387, 56.4962, 13.09818

#1: タンパク質	ESTERASE / ALPH-BETA HYDROLASE 分子量: 34396.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NKS0, carboxylesterase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 10% PEG 4000, 30% MPD, 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.0; SOAKED IN 10% PEG 4000, 4% DMSO, 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.0, 0.01 M PHENYLBUTANOIC ACID ETHYL ESTER.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97784
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97784 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 50355 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM	7.0.4	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WIR

2wir
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.2→141.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 11.584 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2137	2550	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16416	-	-	-
obs	0.16668	47721	84.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	-2.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→141.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9510	0	5	368	9883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.967	13367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.873	3	16179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.663	5	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.566	22.834	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.996	15	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.22	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.432	1.5	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.097	1.5	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.81	2	9934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.402	3	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.31	4.5	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	89	-
R_work	0.167	1716	-
obs	-	-	41.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.4006	-1.0369	-0.1761	9.4239	1.1932	2.5264	0.0232	-0.023	0.0862	-0.7006	0.2327	-0.9512	-0.1943	0.5669	-0.2559	0.1655	-0.0618	0.1284	0.2383	-0.0666	0.3198	35.688	12.059	42.739
2	0.5083	-0.0389	0.0609	0.5735	0.047	0.616	-0.0001	0.0173	-0.0465	-0.0259	-0.0148	-0.015	0.0384	0.0318	0.0149	0.1434	0.0045	0.031	0.0625	0.0015	0.0285	20.018	1.147	52.05
3	1.568	-5.3996	-0.26	19.6498	4.9003	4.1502	0.237	0.2551	-0.5263	-0.8971	-0.8627	2.1343	-0.2545	-0.6488	0.6257	0.1353	0.0189	0.0134	0.3894	0.0359	0.4221	-7.531	27.677	45.774
4	0.4397	0.0802	-0.113	0.6685	0.0198	0.6034	0.0121	-0.003	0.0102	-0.0142	-0.0213	0.0218	-0.0536	-0.0239	0.0092	0.1414	0.004	0.0347	0.0692	-0.0077	0.026	8.541	32.148	59.364
5	0.5498	9.2624	0.1556	39.4352	0.5998	0.9447	0.3535	0.0217	-0.5905	1.5238	0.0273	-3.8482	0.6422	0.8277	-0.3808	0.4717	0.2289	-0.0611	0.5972	-0.1827	0.8825	36.326	27.375	25.789
6	0.4072	0.0512	-0.0627	0.822	0.0371	0.7968	-0.0042	0.0174	0.0251	-0.017	-0.0014	-0.0328	-0.0974	0.0371	0.0056	0.1595	-0.0049	0.0461	0.0686	0.0036	0.0237	20.899	41.303	18.904
7	2.9433	6.618	0.7541	17.6537	4.3619	4.4234	0.5105	-0.3871	0.3556	1.1795	-0.8178	1.3065	0.2499	-0.9048	0.3074	0.1565	-0.0117	0.1068	0.3973	0.0603	0.2274	-7.471	16.455	24.831
8	0.517	-0.0439	0.1389	0.6499	-0.0238	1.2238	0.0517	0.0167	-0.0211	-0.0056	0.0107	0.0265	0.1399	-0.0669	-0.0624	0.1437	-0.002	0.0209	0.0678	-0.0011	0.011	8.265	10.597	11.731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 27
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	28 - 313
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 27
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	28 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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