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万見
- PDB-3zur: Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zur
タイトルCrystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A
要素BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN
キーワードHYDROLASE/SIGNALING PROTEIN / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX / HYDROLASE / SNARE / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / host cell junction / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane ...Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / host cell junction / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / ribbon synapse / presynaptic dense core vesicle exocytosis / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / synaptic vesicle docking / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / negative regulation of neurotransmitter secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / SNARE complex / SNAP receptor activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / neurotransmitter receptor internalization / host cell cytoplasmic vesicle / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / host cell cytosol / endosomal transport / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / Other interleukin signaling / myosin binding / regulation of neuron projection development / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / associative learning / tertiary granule membrane / voltage-gated potassium channel activity / protein transmembrane transporter activity / long-term memory / axonal growth cone / membrane => GO:0016020 / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / presynaptic active zone membrane / regulation of insulin secretion / photoreceptor inner segment / axonogenesis / filopodium / locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / trans-Golgi network / positive regulation of insulin secretion / metalloendopeptidase activity / calcium-dependent protein binding / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / lamellipodium / presynaptic membrane / toxin activity / cell cortex / growth cone / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / postsynapse / cytoskeleton / endosome / neuron projection / protein domain specific binding / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / host cell plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain ...Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A / Synaptosomal-associated protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of Engineered Clostridium Botulinum Neurotoxin Derivatives
著者: Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN
B: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,6207
ポリマ－217,1402
非ポリマー4805
水2,684149
1
A: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9545
ポリマ－108,5701
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6662
ポリマ－108,5701
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.957, 157.495, 209.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 430
2114B1 - 430
1125A450 - 865
2125B450 - 865

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN / LC-A0-SNAP25-HN-A / BONT/A / BONTOXILYSIN-A / BOTOX / BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN / ...LC-A0-SNAP25-HN-A / BONT/A / BONTOXILYSIN-A / BOTOX / BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN / BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN / SNAP-25 / SUPER PROTEIN / SUP / SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED 25 KDA PROTEIN


分子量: 108569.992 Da / 分子数: 2
断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INACTIVE CATALYTIC DOMAIN OF BONT TYPE A, SNAP25, TRANSLOCATION DOMAIN OF BONT TYPE A
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10845, UniProt: P60880, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 224 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 227 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 224 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 227 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 224 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 227 TO TYR
Has protein modificationY
配列の詳細HUMAN SNAP25 PEPTIDE ENGINEERED BETWEEN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.6 Å / Num. obs: 69459 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W2D

2w2d


解像度: 2.71→125.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 27.885 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.678 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SNAP25 PEPTIDE RESIDUES 434-527 ARE UNOBSERVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 3500 5.1 %RANDOM
Rwork0.21213 ---
obs0.21484 65805 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20 Å2
2--1.71 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→125.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13649 0 25 149 13823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02213954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.95818908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69851683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81425.546696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.539152452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5551544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.491.58419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.934213676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07435535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9134.55232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプWeight position
11A3486medium positional0.5
12B3486medium positional0.5
21A1656medium positional0.5
22B1656medium positional0.5
21A1686loose positional5
22B1686loose positional5
11A3486medium thermal2
12B3486medium thermal2
21A1656medium thermal2
22B1656medium thermal2
21A1686loose thermal10
22B1686loose thermal10
LS精密化 シェル解像度: 2.709→2.779 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 177 -
Rwork0.29 3380 -
obs--68.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8184-0.0159-0.24560.23890.05580.2338-0.0809-0.00620.0248-0.00150.04520.02840.03610.01920.03570.0696-0.0066-0.02460.06530.0070.0382.9129-9.4944-26.239
20.16280.04160.02230.31480.03840.1458-0.0160.05030.0866-0.00910.0503-0.045-0.0127-0.0056-0.03430.04750.0194-0.02870.05710.00570.085527.91583.7195-29.2618
30.577-0.1044-0.17810.51010.16020.50110.0383-0.052-0.0143-0.0074-0.0395-0.01160.0648-0.04740.00120.1163-0.0064-0.01510.0541-0.01220.007926.3812-19.49110.14
40.35580.1172-0.07460.2022-0.05240.49130.0311-0.05990.13310.0406-0.0223-0.0115-0.1305-0.1178-0.00880.09770.0336-0.0020.0677-0.04120.079519.09427.989812.7553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 433
2X-RAY DIFFRACTION2A528 - 944
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 433
4X-RAY DIFFRACTION4B528 - 944

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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