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- PDB-3zu7: Crystal structure of a designed selected Ankyrin Repeat protein i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zu7
タイトルCrystal structure of a designed selected Ankyrin Repeat protein in complex with the MAP kinase ERK2
要素
  • DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
  • MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
キーワードTRANSFERASE/DE NOVO PROTEIN / TRANSFERASE-DE NOVO PROTEIN COMPLEX / TRANSFERASE / SELECTED BINDER / PROTEIN DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / cellular response to toxic substance / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to methionine / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / RAF/MAP kinase cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / response to testosterone / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / decidualization / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / estrous cycle / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to cAMP / sensory perception of pain / dendrite cytoplasm / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to epidermal growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Ankyrin repeat-containing domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Ankyrin repeat-containing domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kummer, L. / Mittl, P.R. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Analysis of Phosphorylation-Specific Binders of the Kinase Erk from Designed Ankyrin Repeat Protein Libraries.
著者: Kummer, L. / Parizek, P. / Rube, P. / Millgramm, B. / Prinz, A. / Mittl, P.R. / Kaufholz, M. / Zimmermann, B. / Herberg, F.W. / Pluckthun, A.
履歴
登録2011年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5592
ポリマ－60,5592
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-4.6 kcal/mol
Surface area27230 Å2
手法PISA
2
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2311
ポリマ－42,2311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3281
ポリマ－18,3281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.040, 89.370, 99.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 / MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM ...MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM P42 / P42-MAPK / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 2 / MAP KINASE 2 / MAPK 2


分子量: 42230.508 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: NPT75-ERK2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN


分子量: 18328.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PDST67_E40 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 100 MM TRIS-HOAC (PH 8.5), 20% PEG4K, 5 MM CDCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月12日 / 詳細: ELECTRON OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→5.41 Å / Num. obs: 42412 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.21
反射 シェル解像度: 1.87→1.88 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 44.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1ERK, 1MJ0

1erk
PDB 未公開エントリ

1mj0


解像度: 1.97→19.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 10.11 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A 175 - A 179 LIE IN A REGION OF WEAK ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26928 2040 5 %RANDOM
Rwork0.21852 ---
obs0.22113 38887 93.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.705 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3984 0 0 236 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.9645522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41324.726201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.54915710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3541522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1591.52482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92224001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88231589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3274.51521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 148 -
Rwork0.265 2965 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5190.08310.08960.47280.24090.9507-0.0623-0.0647-0.09920.0575-0.0149-0.00910.0998-0.03490.07730.02710.0090.02780.01470.01990.04564.09214.9245.5126
21.96350.3227-1.09220.45040.35872.58050.0470.1263-0.0971-0.0613-0.0053-0.02590.071-0.0624-0.04170.06110.02-0.01480.02680.0120.042729.7783-6.166314.2984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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