PDB-3zts: Hexagonal form P6122 of the Aquifex aeolicus nucleoside diphospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zts

タイトル

Hexagonal form P6122 of the Aquifex aeolicus nucleoside diphosphate kinase (FINAL STAGE OF RADIATION DAMAGE)

要素

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / DISULFIDE BRIDGE

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Boissier, F. / Georgescauld, F. / Moynie, L. / Dupuy, J.-W. / Sarger, C. / Podar, M. / Lascu, I. / Giraud, M.-F. / Dautant, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: An Inter-Subunit Disulphide Bridge Stabilizes the Tetrameric Nucleoside Diphosphate Kinase of Aquifex Aeolicus
著者: Boissier, F. / Georgescauld, F. / Moynie, L. / Dupuy, J.-W. / Sarger, C. / Podar, M. / Lascu, L. / Giraud, M.-F. / Dautant, A.

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3zts.ent.gz	569.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zts_validation.pdf.gz	497 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zts_full_validation.pdf.gz	507.4 KB	表示
XML形式データ	3zts_validation.xml.gz	68.4 KB	表示
CIF形式データ	3zts_validation.cif.gz	95.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zts	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ztoSC 3ztpC 3ztqC 3ztrC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ztr-2 3ztq-2 3ztq-1 3zto-1 3ztr-3 3ztr-1 5ey9-1 6aes-2 3a23-1 2pyx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

G: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

H: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

I: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

J: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

K: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

L: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

192 kDa, 12 ポリマー
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1

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

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2

E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

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3

I: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

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K: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.709, 200.709, 246.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2069- HOH
2	1	B-2095- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND RESID 2:142 AND BACKBONE
2	1	1	CHAIN B AND RESID 2:142 AND BACKBONE
3	1	1	CHAIN C AND RESID 2:142 AND BACKBONE
4	1	1	CHAIN D AND RESID 2:142 AND BACKBONE
5	1	1	CHAIN E AND RESID 2:142 AND BACKBONE
6	1	1	CHAIN F AND RESID 2:142 AND BACKBONE
7	1	1	CHAIN G AND RESID 2:142 AND BACKBONE
8	1	1	CHAIN H AND RESID 2:142 AND BACKBONE
9	1	1	CHAIN I AND RESID 2:142 AND BACKBONE
10	1	1	CHAIN J AND RESID 2:142 AND BACKBONE
11	1	1	CHAIN K AND RESID 2:142 AND BACKBONE
12	1	1	CHAIN L AND RESID 2:142 AND BACKBONE
1	1	2	CHAIN A AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
2	1	2	CHAIN B AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
3	1	2	CHAIN E AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
4	1	2	CHAIN F AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
5	1	2	CHAIN I AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
6	1	2	CHAIN J AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 114)
1	1	3	CHAIN C AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)
2	1	3	CHAIN D AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)
3	1	3	CHAIN G AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)
4	1	3	CHAIN H AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)
5	1	3	CHAIN K AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)
6	1	3	CHAIN L AND SIDECHAIN AND RESSEQ 2:142 AND NOT (RESSEQ 96 OR RESSEQ 100 OR RESSEQ 114)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDK / NDP KINASE / NUCLEOSIDE-2-P KINASE 分子量: 15963.325 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67528, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1092 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 0.2 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→52.45 Å / Num. obs: 110849 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZTO

3zto

解像度: 2.3→51.331 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: IN THE SSBOND CARDS: THE FIRST ATOM BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER A (WITH OCCUPANCY Q1). THE SECOND ONE BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER B (WITH OCCUPANCY Q2). ABS(Q1 - Q2)*100 IS THE ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	10560	5 %
R_work	0.1924	-	-
obs	0.1937	209779	84.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.524 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1228 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1228 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.331 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13380	0	0	1092	14472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	18437
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	5235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1991
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2438

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	3	C	563	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	4	D	564	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	5	E	565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
1	6	F	563	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	7	G	564	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	8	H	563	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
1	9	I	564	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
1	10	J	565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
1	11	K	563	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	12	L	565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
2	1	A	543	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	543	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
2	3	E	543	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
2	4	F	539	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	5	I	538	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
2	6	J	543	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
3	1	C	529	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	529	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
3	3	G	529	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
3	4	H	536	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.092
3	5	K	536	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
3	6	L	534	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.3301	317	0.2594	6940	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3262-2.3535	0.2721	390	0.2568	6880	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3535-2.3822	0.2579	355	0.2457	6899	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3822-2.4124	0.2931	354	0.2503	6890	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4124-2.4441	0.2683	375	0.257	6864	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4441-2.4776	0.3049	364	0.2551	6826	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4776-2.513	0.2828	341	0.2416	6872	X-RAY DIFFRACTION	87
2.513-2.5505	0.2377	331	0.2245	6806	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5505-2.5904	0.2604	374	0.2186	6805	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5904-2.6328	0.2338	390	0.2101	6767	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6328-2.6782	0.229	403	0.2099	6710	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6782-2.7269	0.2472	398	0.2103	6681	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7269-2.7794	0.2251	348	0.2008	6778	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7794-2.8361	0.234	352	0.2047	6726	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8361-2.8978	0.2418	345	0.2066	6745	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8978-2.9652	0.2461	337	0.2054	6702	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9652-3.0393	0.2142	355	0.1906	6664	X-RAY DIFFRACTION	85
3.0393-3.1215	0.2275	360	0.1924	6646	X-RAY DIFFRACTION	85
3.1215-3.2133	0.2347	356	0.1944	6654	X-RAY DIFFRACTION	85
3.2133-3.317	0.1952	321	0.1784	6659	X-RAY DIFFRACTION	85
3.317-3.4355	0.2089	349	0.1791	6578	X-RAY DIFFRACTION	84
3.4355-3.5731	0.2144	333	0.18	6652	X-RAY DIFFRACTION	84
3.5731-3.7356	0.194	347	0.1714	6547	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7356-3.9325	0.1761	342	0.1508	6561	X-RAY DIFFRACTION	84
3.9325-4.1788	0.1654	377	0.1583	6509	X-RAY DIFFRACTION	84
4.1788-4.5013	0.1359	306	0.1326	6428	X-RAY DIFFRACTION	82
4.5013-4.9539	0.1699	309	0.1382	6378	X-RAY DIFFRACTION	81
4.9539-5.67	0.1989	336	0.1673	6288	X-RAY DIFFRACTION	81
5.67-7.1405	0.2241	399	0.1977	6227	X-RAY DIFFRACTION	80
7.1405-51.3435	0.2112	296	0.1909	5537	X-RAY DIFFRACTION	71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.984	-0.7151	-0.6249	0.7482	0.32	0.4979	-0.0847	-0.1806	-0.0998	0.1645	0.04	0.0118	0.0736	0.0501	0.0172	0.0555	0.0385	-0.0129	0.1053	0.0096	0.076	36.3414	-76.1266	-2.152
2	0.0131	-0.0485	-0.0092	0.7586	-0.6954	1.0785	-0.0707	-0.224	-0.0783	0.2156	0.4654	0.2715	-0.064	-0.1662	-0.2085	0.3566	0.1605	0.096	0.4622	0.178	0.352	31.8812	-89.9696	7.536
3	0.5474	-0.0963	0.3835	0.9101	-0.5177	1.092	0.0479	0.037	-0.0223	-0.1694	-0.0534	-0.0512	-0.0911	0.1589	0.0328	0.0588	0.0438	-0.0016	0.0083	-0.0077	0.0542	47.9443	-69.4394	-23.9541
4	0.2035	-0.3134	0.5977	1.3444	0.4792	4.0273	0.1279	0.2613	0.145	-0.7094	0.3293	-0.1584	-0.1028	-0.3256	-0.3642	0.7306	-0.096	0.1972	0.5509	0.013	0.0509	61.9776	-72.6558	-33.8481
5	1.4356	-0.893	0.7311	0.8067	-0.1848	0.6347	-0.0687	-0.0968	-0.0493	0.0683	0.0069	-0.0235	0.041	0.0716	0.0218	0.0799	0.0664	-0.0025	0.1078	0.0157	0.0841	63.9027	-95.7219	-2.8993
6	0.0955	0.0289	0.12	0.015	0.0337	0.1562	-0.0538	-0.0583	0.0376	0.0552	0.1759	-0.0457	-0.1048	0.0175	-0.01	0.3978	0.2214	-0.2173	0.4301	-0.1935	0.3756	68.6739	-81.5881	6.2452
7	0.6786	-0.3846	-0.1002	1.0438	0.8503	1.1539	0.028	0.1027	-0.0365	-0.0365	-0.0571	0.076	0.214	-0.0108	0.0251	0.1141	0.0372	-0.007	0.0603	0.0015	0.0753	50.8209	-103.0582	-23.6576
8	0.0082	0.0908	0.1305	1.2012	1.6951	2.4193	-0.1607	-0.132	0.0024	-0.1697	0.3919	0.0497	-0.6006	0.0777	-0.0718	0.4329	0.1031	-0.1347	0.4571	-0.0116	0.2085	36.1172	-99.999	-32.5828
9	1.0958	0.6277	0.6368	0.4017	0.3775	0.9844	0.0484	-0.1187	0.1063	-0.0199	-0.054	0.0557	-0.0893	-0.0471	0.0216	0.0167	-0.008	0.0068	0.0913	-0.0169	0.0779	15.1885	-50.8329	-16.2428
10	0.6225	-0.255	-0.8957	0.2758	0.4461	1.3404	0.3879	-0.2538	0.111	-0.0736	-0.1841	0.0522	-0.6324	0.1426	-0.1873	0.4275	-0.0264	0.0531	0.5396	-0.1218	0.2549	5.2291	-40.3956	-6.39
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12	3.2513	-0.6177	-4.2185	0.2971	0.6158	6.2013	0.6369	0.376	-0.2892	0.0081	-0.2639	-0.1074	-0.5406	-0.5886	-0.1367	0.3545	0.0835	-0.107	0.3269	-0.1179	0.1477	5.7739	-75.3231	-47.5719
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19	0.908	-0.752	-0.4845	0.7039	0.1715	1.2459	0.004	0.0716	-0.1584	0.0634	-0.0726	0.0684	0.2408	0.0482	0.0653	-0.0034	0.0209	0.0044	0.1334	0.0257	0.0959	15.5759	-64.3073	18.2263
20	1.4719	0.1557	-1.7543	0.4596	-1.1829	4.4375	0.2785	0.5073	-0.2461	-0.0101	-0.0875	-0.1331	-0.5526	-1.4597	-0.025	0.6377	0.0146	-0.0807	0.8064	-0.195	0.0818	6.058	-75.1275	8.3677
21	0.6294	0.6098	-0.5062	0.7246	-0.7673	1.0363	0.0208	-0.1189	-0.0419	0.0489	-0.0499	-0.0988	-0.0301	-0.0887	0.0262	0.0462	-0.0395	0.0249	0.1414	-0.0115	0.1194	-15.1826	-65.7584	39.2731
22	1.4122	0.2738	-2.4166	0.0918	-0.487	7.2692	0.2072	-0.6921	-0.1232	0.0933	-0.0956	0.0712	-0.7775	0.5044	-0.0647	0.4129	-0.1906	-0.053	0.6766	0.2455	0.3579	-5.0788	-76.7112	48.4414
23	0.7882	-0.4209	0.4221	0.7184	-0.4521	1.3605	-0.1091	0.0938	0.0359	-0.0292	0.0482	0.1796	-0.1775	-0.2339	0.0339	0.0523	-0.0008	-0.0093	0.1378	0.0057	0.0941	-15.2931	-50.7623	18.5478
24	0.2962	-0.301	0.9467	0.3209	-0.8422	5.4765	0.2598	0.1551	0.0924	-0.0873	-0.0059	0.0642	0.9116	0.1903	-0.0453	0.6567	0.1541	0.1692	0.5144	0.2799	0.4507	-5.5886	-39.3295	9.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESSEQ 52:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESSEQ 52:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESSEQ 52:57)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESSEQ 52:57)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN E AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN E AND RESSEQ 52:57)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN F AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN F AND RESSEQ 52:57)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN G AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN G AND RESSEQ 52:57)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN H AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN H AND RESSEQ 52:57)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN I AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN I AND RESSEQ 52:57)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN J AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN J AND RESSEQ 52:57)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN K AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN K AND RESSEQ 52:57)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN L AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN L AND RESSEQ 52:57)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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