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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ztm | |||||||||
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タイトル | Cytochrome c prime from alcaligenes xylosoxidans: as isolated L16G variant at 0.9 A resolution: unrestraint refinement | |||||||||
![]() | CYTOCHROME C' | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / HAEMOPROTEIN / 4-HELIX BUNDLE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Antonyuk, S.V. / Rustage, N. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Carbon Monoxide Poisoning is Prevented by the Energy Costs of Conformational Changes in Gas- Binding Haemproteins. 著者: Antonyuk, S.V. / Rustage, N. / Petersen, C.A. / Arnst, J.L. / Heyes, D.J. / Sharma, R. / Berry, N.G. / Scrutton, N.S. / Eady, R.R. / Andrew, C.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 781.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ykzC ![]() 2yl0C ![]() 2yl1C ![]() 2yl3C ![]() 2yl7SC ![]() 2yldC ![]() 2ylgC ![]() 2yliC ![]() 3zqvC ![]() 3zqyC ![]() 3ztzC ![]() 3zwiC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13575.336 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PEC86 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#3: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.9→50 Å / Num. obs: 115947 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 0.9→0.92 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 83 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2YL7 解像度: 0.9→10 Å / Num. parameters: 13496 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: AT THE LAST RUN OF REFINEMENT R-FREE FLAGS WERE REMOVED AND DATA WERE REFINED AGAINST ALL DATA.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 89 / Occupancy sum hydrogen: 911.88 / Occupancy sum non hydrogen: 1195.95 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.9→10 Å
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拘束条件 |
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