PDB-3zta: The bacterial stressosome: a modular system that has been adapted...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zta

タイトル

The bacterial stressosome: a modular system that has been adapted to control secondary messenger signaling

要素

ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN

キーワード

SIGNALING / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / TYPE 2C PHOSPHATASES / RSBS

機能・相同性

Globin-like - #130 / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein

機能・相同性情報

生物種

MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Bacterial Stressosome: A Modular System that Has Been Adapted to Control Secondary Messenger Signaling.
著者: Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2011年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zta.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zta.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zta_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zta_full_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示
XML形式データ	3zta_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	3zta_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zt9C 3ztbC 3zxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ij6-d 5nqy-d 1lcy-d 4f8y-1 3lcm-2 5m3o-d 1ij5-d 5owq-2 3sml-d 5vxe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.410, 56.410, 148.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2002- HOH

#1: タンパク質	ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN / MTR 分子量: 16814.637 Da / 分子数: 1 / 断片: NON-HEME GLOBIN SIGNALLING DOMAIN, RESIDUES 1-146 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q2RIF4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 1.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH 5.5, 1% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9716
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日
放射	モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→52.72 Å / Num. obs: 12435 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 52.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 49.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 55.2 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 16.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→52.725 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	591	4.8 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.2167	12435	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.141 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.495 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.495 Å²	0 Å²
3-	-	-	30.9901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1113	0	0	5	1118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1219
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	1514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.222	423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	180
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	192

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.9717	0.3835	138	0.2816	2917	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9717-3.4017	0.2732	158	0.2453	2944	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4017-4.2855	0.289	152	0.1962	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2855-52.735	0.2384	143	0.2	3001	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4007	0.1221	-1.4406	0.0124	-0.1264	1.4885	-0.2769	-0.2827	-0.3735	0.1008	0.0752	-0.1597	0.4282	0.3085	-1.6634	0.3464	0.0364	-0.1145	0.2075	0.024	0.2638	14.5179	17.8586	78.489
2	0.3745	-0.1966	-0.4085	0.1027	0.2135	0.446	-0.2164	0.0229	0.3508	0.1662	-0.0143	-0.3203	-0.5217	0.2992	-0.2599	0.5441	-0.018	-0.2753	0.195	0.019	0.5273	9.4334	28.0542	80.7389
3	0.1393	0.1831	-0.064	0.8847	0.4169	0.4265	-0.1461	0.1619	-0.0798	-0.3412	0.1146	-0.062	-0.0611	-0.0631	0.8825	0.6012	-0.0202	-0.2476	0.2171	-0.0897	0.5395	3.7263	11.4047	70.2298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 8:75)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 76:100)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 101:146)

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関連情報:EMDBヘッダ

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