PDB-3zrw: The structure of the dimeric Hamp-Dhp fusion A291V mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zrw

タイトル

The structure of the dimeric Hamp-Dhp fusion A291V mutant

要素

(AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / OSMOREGULATION / OMPR / OMPC

機能・相同性

機能・相同性情報

response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / signal transduction / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Zeth, K. / Hulko, M. / Ferris, H.U. / Martin, J. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mechanism of Regulation of Receptor Histidine Kinases.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkwicz, S. / Hornig, N. / Hulko, M. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.

履歴

登録	2011年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zrw.cif.gz	192.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zrw.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zrw_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zrw_full_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示
XML形式データ	3zrw_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3zrw_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2lfrC 2lfsC 3zrvC 3zrxC 2asmS 2y0q 2y0t 2y20 2y21 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3j6n-d 3jz7-d 6tpu-2 4yfe-2 2lfs-d 4fs0-d 1dr9-d 2lfr-d 4uid-1 6tpu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

B: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

C: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

D: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

52.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

B: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

D: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.860, 46.670, 157.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	3 - 108
2	1	1	3	B	3 - 108
1	1	2	3	C	3 - 108
2	1	2	3	D	3 - 108

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ / HAMP-DHP FUSION PROTEIN 分子量: 13136.903 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 278-326,228-288 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: CHIMERIC PROTEIN, RESIDUES OF THE PROTEIN AF1503 FROM A. FULGIDUS AND THE OSMOLARITY SENSING PROTEIN FROM E. COLI -ONE MUTATION IN POSITION A291V IS INTRODUCED 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 株: DSM 4304, K-12 / 解説: PCR FROM E. COLI WT DNA AND A. FULGIDUS WT DNA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P0AEJ4, histidine kinase
#2: タンパク質	AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ / HAMP-DHP FUSION PROTEIN 分子量: 13151.875 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 278-326,228-288 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: CHIMERIC PROTEIN, RESIDUES OF THE PROTEIN AF1503 FROM A. FULGIDUS AND THE OSMOLARITY SENSING PROTEIN FROM E. COLI -ONE MUTATION IN POSITION A291V IS INTRODUCED 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 株: DSM 4304, K-12 / 解説: PCR FROM E. COLI WT DNA AND A. FULGIDUS WT DNA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P0AEJ4, histidine kinase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 291 TO VAL
配列の詳細	O28769 AND P0AEJ4 DOMAINS ARE FUSED BY CLONING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.4 M MAGNESIUM FORMATE, 0.1 M BIS/TRIS, PH 7.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 23404 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ASM

2asm

解像度: 2.25→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 16.245 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26946	1264	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21414	-	-	-
obs	0.21696	23404	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.216 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.85 Å²	0 Å²	1.39 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3472	0	0	226	3698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.985	1.986	4731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.517	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.148	24.678	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.284	15	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.314	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.678	1.5	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	2	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.626	3	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.814	4.5	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	418	tight positional	0.22	0.05
1	2	B	418	tight positional	0.22	0.05
2	1	C	423	tight positional	0.17	0.05
2	2	D	423	tight positional	0.17	0.05
1	1	A	395	loose positional	0.27	5
1	2	B	395	loose positional	0.27	5
2	1	C	399	loose positional	0.3	5
2	2	D	399	loose positional	0.3	5
1	1	A	418	tight thermal	0.16	0.5
1	2	B	418	tight thermal	0.16	0.5
2	1	C	423	tight thermal	0.16	0.5
2	2	D	423	tight thermal	0.16	0.5
1	1	A	395	loose thermal	0.24	10
1	2	B	395	loose thermal	0.24	10
2	1	C	399	loose thermal	0.26	10
2	2	D	399	loose thermal	0.26	10

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	92	-
R_work	0.264	1690	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.3677	-0.3142	-0.3696	5.9981	-2.4321	10.3284	0.036	0.6356	-0.1314	-0.5441	-0.1612	-0.3552	0.2083	0.1502	0.1252	0.2842	-0.0671	0.0003	0.3513	0.0343	0.0584	41.622	42.879	7.442
2	23.8847	29.3789	-19.7683	36.6174	-24.8304	16.9544	-0.2282	-0.2201	-0.8472	-0.1117	-0.3121	-0.828	-0.0439	0.3582	0.5403	0.2173	-0.0644	-0.0364	0.4492	0.1005	0.2457	31.666	27.419	23.625
3	1.194	-0.1199	1.036	4.5962	0.803	5.5118	0.1216	0.2616	-0.4067	-0.2741	-0.3272	0.453	0.1895	-0.6702	0.2056	0.2079	0.0473	-0.0658	0.3649	-0.0926	0.3364	6.175	6.491	38.982
4	5.4287	5.4242	-5.1205	8.3934	-8.0569	10.3223	-0.0753	0.8046	-0.0848	-0.4734	0.0313	0.0259	0.3686	0.4593	0.044	0.3137	0.1399	-0.0765	0.6947	0.0379	0.2536	11.359	19.199	27.258
5	6.9253	1.069	0.3067	11.8458	-8.0684	15.6364	-0.0776	-0.1724	0.5124	0.4374	0.2048	-0.456	-1.597	0.0209	-0.1272	0.3621	-0.0778	-0.0126	0.3046	0.0914	0.1893	36.659	53.06	14.377
6	27.8318	26.2951	-21.3468	27.232	-23.0933	19.967	0.14	0.3673	0.7475	0.387	0.3757	0.7291	-0.4367	-0.2186	-0.5156	0.3168	-0.0627	-0.0771	0.6733	0.2421	0.2462	19.418	37.16	23.622
7	4.7442	-2.2793	-0.4596	6.7385	-3.9464	6.5722	-0.0273	0.203	-0.0195	0.4774	0.176	0.3501	-0.4967	-0.5086	-0.1487	0.1578	0.0905	-0.0316	0.2644	-0.0133	0.2728	4.684	13.484	45.019
8	11.5082	12.8111	-8.2775	15.7922	-11.4585	9.5184	0.0409	0.2104	0.5349	0.3522	0.0096	0.3814	-0.3478	0.1225	-0.0504	0.1915	0.061	-0.0673	0.2542	0.0472	0.2931	17.693	19.956	39.971
9	4.5641	3.1002	-3.6379	6.3194	-8.4474	17.3144	0.4321	-0.4962	0.2309	0.1583	0.14	-0.2187	-0.802	0.3296	-0.5721	0.3191	-0.1078	0.0365	0.2074	-0.1053	0.3561	10.11	50.293	100.69
10	1.6732	0.1042	-1.6514	1.802	-0.9513	5.2124	0.227	-0.137	-0.0127	-0.1896	-0.0653	-0.2562	0.0357	0.2484	-0.1618	0.2634	-0.0328	0.0419	0.1446	-0.0168	0.2927	12.036	42.184	93.273
11	4.0399	0.7726	-10.3841	1.1267	-2.5726	27.0889	-0.0204	-0.2368	-0.0629	0.1275	-0.1534	0.0156	0.1368	0.7452	0.1738	0.331	0.0547	0.0166	0.224	0.0263	0.3399	24.52	42.633	63.573
12	1.2395	-0.6133	-1.4486	2.0838	1.0901	4.9378	-0.0473	0.1946	0.1012	0.1247	-0.0913	-0.0772	0.0276	0.2516	0.1386	0.2024	0.0773	-0.0432	0.2302	0.0491	0.2794	25.249	52.14	50.556
13	2.699	-1.3692	-4.6938	4.0155	1.1315	14.5763	0.0186	0.0153	-0.1425	-0.0703	-0.0227	0.3951	0.2044	-0.5492	0.0041	0.242	-0.0645	-0.0082	0.1734	-0.0162	0.3165	-1.649	43.638	95.318
14	2.5359	-0.9226	-0.8003	7.9247	5.9165	9.6253	0.1617	0.197	0.2738	-0.341	-0.2493	0.5494	-0.4803	-0.581	0.0875	0.3106	-0.0562	0.0193	0.1664	0.0223	0.272	-1.257	50.367	90.906
15	1.1829	-0.1159	-4.7338	0.0123	0.4755	19.524	0.0628	0.0478	0.0744	0.0034	-0.0157	-0.0057	0.1706	-0.2245	-0.0471	0.4298	0.0021	0.0428	0.1419	-0.0114	0.308	7.228	52.686	77.012
16	0.4889	0.2623	-1.3084	2.744	-2.5186	5.4308	-0.1209	0.2083	-0.1895	-0.1098	-0.0961	0.1035	0.6162	-0.1957	0.217	0.2714	0.0582	-0.0024	0.246	-0.0264	0.3278	19.628	43.215	47.885

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	278 - 315
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	316 - 347
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	348 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	366 - 388
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	278 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	319 - 347
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	348 - 364
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	365 - 387
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	278 - 293
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	294 - 326
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	327 - 353
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	354 - 388
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	278 - 294
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	295 - 312
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	313 - 343
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	344 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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