PDB-3zri: N-domain of ClpV from Vibrio cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zri

タイトル

N-domain of ClpV from Vibrio cholerae

要素

CLPB PROTEIN

キーワード

CHAPERONE / HSP100 PROTEINS / AAA+ PROTEINS / T6SS / SECRETION / VIRULENCE

機能・相同性

Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lenherr, E.D. / Kopp, J. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for the Unique Role of the Aaa+ Chaperone Clpv in Type Vi Protein Secretion.
著者: Pietrosiuk, A. / Lenherr, E.D. / Falk, S. / Bonemann, G. / Kopp, J. / Zentgraf, H. / Sinning, I. / Mogk, A.

履歴

登録	2011年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zri.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zri.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zri_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zri_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	3zri_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	3zri_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zrjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q59-d 3lpq-d 5j8e-2 6nb0-d 2pso-3 5j8e-1 2v7f-d 6mx2-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLPB PROTEIN

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CLPB PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.898, 72.990, 73.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	CLPB PROTEIN / CLPV 分子量: 19435.873 Da / 分子数: 1 / 断片: N-DOMAIN, RESIDUES 2-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株: V52 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: A1EKV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 291 K / 詳細: 0.2M NAACETATE PH 7.0, 20% (W/V) PEG 3350, 18C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月5日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→36 Å / Num. obs: 18149 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.234 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→35.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.61 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DUE TO LESS THAN 100% INCORPORATION OF SEMET, ONLY A FRACTION WAS MODELLED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	908	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.193	17241	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1325	0	0	87	1412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.879	1.974	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.414	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.913	24.559	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.807	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.336	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.379	1.5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.249	2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.403	3	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.314	4.5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	66	-
R_work	0.272	1244	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4892	-2.8073	1.629	7.1572	-7.4763	6.2098	-0.068	0.0416	0.0847	0.0786	-0.1313	-0.3391	-0.1076	0.3111	0.1993	0.0698	0.003	-0.0264	0.115	-0.0207	0.0984	11.134	-42.789	-3.2709
2	0.6177	0.8854	1.2714	2.2924	-1.0263	-0.5686	0.1333	0.157	-0.01	-0.2201	-0.1019	-0.314	-0.0471	0.0493	-0.0314	0.1553	0.0771	0.2092	0.0897	0.1021	0.1719	5.3876	-19.2813	-19.3241
3	1.406	0.5598	0.8531	0.2776	0.1293	1.8143	0.0953	-0.037	0.1796	-0.1374	-0.0883	0.0146	-0.2748	-0.0737	-0.007	0.1242	0.0452	-0.0039	0.0503	0.0295	0.129	-6.2987	-11.837	-13.9582
4	4.4742	0.1009	0.6487	4.2455	0.9137	0.9345	0.032	-0.1293	0.3063	-0.0969	0.1308	-0.0471	-0.067	0.0228	-0.1627	0.0306	-0.0343	0.0095	0.0727	-0.0021	0.1266	9.7533	-11.7025	-5.5114
5	0.6855	-0.7596	-0.0764	1.3935	0.0083	0.8084	0.066	0.0091	-0.0021	-0.1205	-0.0607	-0.0453	0.0062	-0.0611	-0.0053	0.0581	0.0123	0.0043	0.0727	0.0055	0.0935	-4.6024	-27.2909	-13.0668
6	1.202	0.1567	0.891	0.4095	-0.024	1.9889	0.0887	0.0544	-0.0068	-0.0609	-0.0749	0.1289	0.0215	-0.2033	-0.0138	0.045	0.0491	-0.0304	0.1003	0.0034	0.0979	-14.5326	-22.9659	-16.9367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-7 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	76 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	90 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	131 - 158

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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